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- PDB-1nxj: Structure of Rv3853 from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nxj
タイトルStructure of Rv3853 from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta/beta/alpha domain / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase / 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase / ribonuclease inhibitor activity / regulation of RNA metabolic process / oxaloacetate decarboxylase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Regulator of ribonuclease activity A / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like protein / Ribonuclease E inhibitor RraA/RraA-like superfamily / Aldolase/RraA / Glucose Oxidase; domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYOXYLIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase / Putative 4-hydroxy-4-methyl-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Johnston, J.M. / Arcus, V.L. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of a Putative Methyltransferase from Mycobacterium tuberculosis: Misannotation of a Genome Clarified by Protein Structural Analysis
著者: Johnston, J.M. / Arcus, V.L. / Morton, C.J. / Parker, M.W. / Baker, E.N.
履歴
登録2003年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
B: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
C: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8159
ポリマ－58,1423
非ポリマー6726
水4,972276
1
A: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子

A: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子

A: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8159
ポリマ－58,1423
非ポリマー6726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
2
B: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子

B: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子

B: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8159
ポリマ－58,1423
非ポリマー6726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
3
C: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子

C: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子

C: Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8159
ポリマ－58,1423
非ポリマー6726
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.462, 102.462, 117.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細The biological assembly is a trimer. Trimers can be generated from each of the three monomers in the assymmetric unit by the operations: -y, x-y, z; y-x, -x, z; -x, -y, z+1/2; y, y-x, z+1/2 and x-y, x, z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Probable S-adenosylmethionine:2-demethylmenaquinone methyltransferase


分子量: 19380.758 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MENG / プラスミド: pProEX Hta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pRI592
参照: UniProt: P0A666, UniProt: P9WGY3*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.45M sodium potassium tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 63.9 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMTris-HCl1drop
2140 mM1droppH8.0NaCl
32 mg/mlprotein1drop
40.45 Mpotassium/sodium tartrate tetrahydrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8452 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8452 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 54630 / Num. obs: 54241 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 9.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 5249 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 54630 / 冗長度: 3.35 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→24.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 5344 10.1 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all-55019 --
obs-52727 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1134 Å2 / ksol: 0.395904 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å2-0.39 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----1.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 45 276 3705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.752
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.392.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 488 10.3 %
Rwork0.225 4266 -
obs-4754 87.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP+LIGANDS4.PARAMPROTEIN+LIGANDS4.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CNSGLYOXALATE.PARCNSGLYOXALATE.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.7
LS精密化 シェル
*PLUS
Num. reflection Rwork: 5344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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