PDB-1nxh: X-RAY STRUCTURE: NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET TT87

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nxh

タイトル

X-RAY STRUCTURE: NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET TT87

要素

MTH396 protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical protein / Disulfide bonds / Homodimer / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

Hypothetical protein MTH393 / EhaM-like / [NiFe]-hydrogenase-3-type complex Eha, subunit EhaM / EhaM-like superfamily / Domain of unknown function (DUF1959) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : / Conserved protein

機能・相同性情報

生物種

Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Khayat, R. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Arowsmith, C. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF MTH396
著者: Khayat, R. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Arowsmith, C. / Tong, L.

履歴

登録	2003年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nxh.cif.gz	56.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nxh.ent.gz	43.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5i0y-d 2qvm-2 1vm0-d 3lzl-d 3vn5-d 4kbq-1 2q3v-d 5nbt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: TT87

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MTH396 protein

B: MTH396 protein

30.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.223, 80.223, 106.246
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	MTH396 protein / conserved protein 分子量: 15213.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) 遺伝子: MTH396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O26496, GenBank: 15678424
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.2 詳細: 0.1M Tris-HCl 9.2, 0.2M Sodium Acetate, 30% PEG 4000, 2% Glycerol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月19日
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 8995 / Num. obs: 8628 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 48.3 Å²
反射シェル	解像度: 2.8→2.97 Å / % possible all: 78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS	1	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→19.9 Å / R_factor R_free error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1947897.47 / Data cutoff high rms absF: 1947897.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.319	605	7.4 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.226	8205	91.2 %	-
all	-	8995	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 36.9687 Å² / k_sol: 0.314755 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6 Å²	0 Å²
3-	-	-	12 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.53 Å	0.36 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.45 Å	0.5 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2012	0	0	0	2012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.009
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	18.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.77

Refine LS restraints NCS

NCS model details: CONSTR

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.97 Å / R_factor R_free error: 0.041 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	79	6.9 %
R_work	0.325	1059	-
obs	-	-	78 %

Xplor file

Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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