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万見
- PDB-1nxd: Crystal structure of MnMn Concanavalin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nxd
タイトルCrystal structure of MnMn Concanavalin A
要素concanavalin A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Legume lectin / Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / : / Concanavalin-A
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia ensiformis (タチナタマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lopez-Jaramillo, F.J. / Gonzalez-Ramirez, L.A. / Albert, A. / Santoyo-Gonzalez, F. / Vargas-Berenguel, A. / Otalora, F.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structure of concanavalin A at pH 8: bound solvent and crystal contacts.
著者: Lopez-Jaramillo, F.J. / Gonzalez-Ramirez, L.A. / Albert, A. / Santoyo-Gonzalez, F. / Vargas-Berenguel, A. / Otalora, F.
#1: ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2001
タイトル: Crystallization and cryocrystallography inside X-ray capillaries
著者: Lopez-Jaramillo, F.J. / Garcia-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A. / Otalora, F.
履歴
登録2003年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42017年7月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
改定 1.52017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.62023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: concanavalin A
2: concanavalin A
3: concanavalin A
4: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,99657
ポリマ－102,4904
非ポリマー3,50653
水13,763764
1
1: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,61815
ポリマ－25,6221
非ポリマー99614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
2: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,51815
ポリマ－25,6221
非ポリマー89614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
3: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,38413
ポリマ－25,6221
非ポリマー76112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
4: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,47614
ポリマ－25,6221
非ポリマー85413
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
1: concanavalin A
2: concanavalin A
ヘテロ分子

1: concanavalin A
2: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,27260
ポリマ－102,4904
非ポリマー3,78256
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area19750 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area33060 Å2
手法PISA
6
3: concanavalin A
ヘテロ分子

3: concanavalin A
ヘテロ分子

4: concanavalin A
ヘテロ分子

4: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,71954
ポリマ－102,4904
非ポリマー3,23050
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation8_555x+1/2,-y+1/2,-z1
Buried area17400 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PISA
7
1: concanavalin A
2: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,13630
ポリマ－51,2452
非ポリマー1,89128
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area18360 Å2
手法PISA
8
3: concanavalin A
ヘテロ分子

4: concanavalin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,86027
ポリマ－51,2452
非ポリマー1,61525
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x+1/2,y+1/2,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.300, 118.000, 249.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
113-1156-

HOH

214-1166-

HOH

314-1182-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 1234

#1: タンパク質
concanavalin A / Con A


分子量: 25622.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia ensiformis (タチナタマメ) / 参照: UniProt: P02866

-
非ポリマー , 5種, 817分子

#2: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 764 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: gel acupuncture method (game) / pH: 8
詳細: PEG 6000, Sodium Chloride, Calcium Chloride, Manganese Chloride, Sodium Azide, Tris-HCl , pH 8, Gel Acupuncture Method (GAME), temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1droppH8.0
3200 mM1dropNaCl
41 mM1dropMnCl2
51 mM1dropCaCl2
63 mM1dropNaN3
74.2 mMheptakis(6-S-beta-D-galactopyranosyl-6-thio)-cyclomaltoheptaose1drop
812 %(w/v)PEG60001reservoir
9100 mMTris-HCl1reservoirpH8.0
10200 mM1reservoirNaCl
111 mM1reservoirMnCl2
121 mM1reservoirCaCl2
133 mM1reservoirNaN3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8423 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8423 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→19.61 Å / Num. all: 120751 / Num. obs: 120751 / % possible obs: 87.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.88 % / Biso Wilson estimate: 21.67 Å2 / Limit h max: 54 / Limit h min: 0 / Limit k max: 63 / Limit k min: 0 / Limit l max: 134 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 7393670.09 / Observed criterion F min: 64.53 / Rsym value: 0.021 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 1.8→2 Å / 冗長度: 2.57 % / Mean I/σ(I) obs: 16.71 / Num. unique all: 24782 / Rsym value: 0.052 / % possible all: 66.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 19 Å / Num. obs: 111379 / % possible obs: 94.9 % / Num. measured all: 324343 / Rmerge(I) obs: 0.02
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 93 % / Num. unique obs: 15414 / Num. measured obs: 40384 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Mean I/σ(I) obs: 18.15

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NLS

1nls


解像度: 1.9→19 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.201 11146 10 %RANDOM
Rwork0.184 ---
all-111372 --
obs-111372 95 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 50.299 Å2 / ksol: 0.398921 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 58.09 Å2 / Biso mean: 18.96 Å2 / Biso min: 5.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20 Å2
2---3.32 Å20 Å2
3---1.56 Å2
Refine Biso
クラスRefine-IDTreatment
polymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
waterX-RAY DIFFRACTIONisotropic
nonpolymerX-RAY DIFFRACTIONisotropic
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.09 Å
Luzzati d res high-1.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7236 0 210 764 8210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg25.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.171.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.832
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.772.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.006
Rfactor反射数%反射
Rfree0.19 1098 9.5 %
Rwork0.19 9628 -
all-11596 -
obs-10726 92.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 19 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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