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万見
- PDB-1nwb: Solution NMR Structure of Protein AQ_1857 from Aquifex aeolicus: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nwb
タイトルSolution NMR Structure of Protein AQ_1857 from Aquifex aeolicus: Northeast Structural Genomics Consortium Target QR6.
要素Hypothetical protein AQ_1857
キーワードstructural genomics / unknown function / QR6 / protein structure initiative / NESG / Reduced Dimensionality NMR / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation by iron-sulfur cluster transfer / iron-sulfur cluster assembly / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / structural molecule activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FeS cluster insertion, C-terminal, conserved site / Hypothetical hesB/yadR/yfhF family signature. / FeS cluster insertion protein / Hypothetical Protein Aq_1857; Chain: A; / HesB-like domain / FeS cluster biogenesis / HesB-like domain superfamily / Iron-sulphur cluster biosynthesis / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法溶液NMR / distance geometry torsion angle dynamics
データ登録者Xu, D. / Liu, G. / Xiao, R. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2004
タイトル: NMR structure of the hypothetical protein AQ-1857 encoded by the Y157 gene from Aquifex aeolicus reveals a novel protein fold.
著者: Xu, D. / Liu, G. / Xiao, R. / Acton, T. / Goldsmith-Fischman, S. / Honig, B. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2003年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein AQ_1857


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7401
ポリマ－13,7401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein AQ_1857


分子量: 13740.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: AQ_1857 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67709

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
242ct-13C-HSQC
1513D-HNNCACB
1613D-RD-HABCAB(CO)NHN
1713D-RD-(H)CCH-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined with the help of Reduced Dimensionality NMR Spectroscopy

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.08mM QR6 U-15N,13C20mM MES, 50mM NaCl, 5mM DTT, 5% D2O, 0.02% NaN3
21.01mM QR6 100% 15N, 5%13C20mM MES, 100mM NaCl, 5mM CaCl2, 10mM DTT, 5% D2O, 0.02% NaN3
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.5 ambient 293 K
26.5 ambient 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
NMRPipe1Bax解析
XEASY1.3.1Tai-he Xiaデータ解析
PROSA5Guentert解析
CYANA1.0.3Guentert構造決定
CYANA1.0.3Guentert精密化
精密化手法: distance geometry torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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