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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nv3 | ||||||
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タイトル | Fructose-1,6-Bisphosphatase Complex with Magnesium, Fructose-6-Phosphate, Phosphate and Thallium (100 mM) | ||||||
![]() | Fructose-1,6-bisphosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Bisphosphatase / Allosteric enzymes / Gluconeogenesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() Gluconeogenesis / sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process ...Gluconeogenesis / sucrose biosynthetic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 6-phosphate metabolic process / fructose metabolic process / monosaccharide binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / negative regulation of glycolytic process / regulation of gluconeogenesis / AMP binding / dephosphorylation / gluconeogenesis / negative regulation of cell growth / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Choe, J. / Iancu, C.V. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Interaction of Tl+ with product complexes of fructose-1,6-bisphosphatase 著者: Choe, J.Y. / Nelson, S.W. / Fromm, H.J. / Honzatko, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 81.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/F6P.gif)
![](data/chem/img/F6P.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 36691.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-F6P / |
-非ポリマー , 4種, 153分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/TL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/TL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-TL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 3350, HEPES , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 20719 / Num. obs: 20719 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 49.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. measured all: 97976 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 49.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EYI 解像度: 2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Num. reflection obs: 18341 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2661 / Rfactor Rwork: 0.2042 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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