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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nu4 | ||||||
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タイトル | U1A RNA binding domain at 1.8 angstrom resolution reveals a pre-organized C-terminal helix | ||||||
要素 | U1A RNA binding domain | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / RNA recognition motif / U1 small nuclear ribonucleoprotein / RNA binding domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Rupert, P.B. / Xiao, H. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: U1A RNA-binding domain at 1.8 A resolution. 著者: Rupert, P.B. / Xiao, H. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nu4.cif.gz | 58.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nu4.ent.gz | 42.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nu4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nu4_validation.pdf.gz | 465.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nu4_full_validation.pdf.gz | 476.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1nu4_validation.xml.gz | 12.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nu4_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/1nu4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/1nu4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1urnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11209.120 Da / 分子数: 2 / 断片: U1A RBD1 / 変異: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012 #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-MLA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Potassium Malonate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年8月15日 / 詳細: osmics mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 18308 / Num. obs: 17618 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 37.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique all: 1365 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 76.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 70351 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1urn 解像度: 1.8→29.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9717 Å2 / ksol: 0.401443 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.2344 / Rfactor Rwork: 0.2032 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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