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- PDB-1nts: 5'(dCCPUPCPCPUPUP)3':3'(rAGGAGGAAA)5', where P=propynyl -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nts
タイトル5'(dCCPUPCPCPUPUP)3':3'(rAGGAGGAAA)5', where P=propynyl
要素
  • 5'-D(*(5PC)P*(5PC)P*(PDU)P*(5PC)P*(5PC)P*(PDU)P*(PDU))-3'
  • 5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'
キーワードRNA/DNA / DNA / RNA / hybrid / propynyl / RNA-DNA COMPLEX
機能・相同性DNA / RNA
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, energy minimization
Model type detailsminimized average
データ登録者Znosko, B.M. / Barnes III, T.W. / Krugh, T.R. / Turner, D.H.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: NMR Studies of DNA Single Strands and DNA:RNA Hybrids With and Without 1-Propynylation at C5 of Oligopyrimidines
著者: Znosko, B.M. / Barnes III, T.W. / Krugh, T.R. / Turner, D.H.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2001
タイトル: Long-Range Cooperativity in Molecular Recognition of RNA by Oligodeoxynucleotides with Multiple C5-(1-Propynyl) Pyrimidines
著者: Barnes III, T.W. / Turner, D.H.
履歴
登録2003年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年7月28日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'
B: 5'-D(*(5PC)P*(5PC)P*(PDU)P*(5PC)P*(5PC)P*(PDU)P*(PDU))-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2312
ポリマ－5,2312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*AP*AP*AP*GP*GP*AP*GP*GP*A)-3'


分子量: 2981.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*(5PC)P*(5PC)P*(PDU)P*(5PC)P*(5PC)P*(PDU)P*(PDU))-3'


分子量: 2248.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1~1mM hybrid, 80 mM NaCl, 10 mM phosphate buffer, 0.5 mM EDTA, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
2~2.5 mM hybrid, 80 mM NaCl, 10 mM phosphate, 0.5 mM EDTA, 99.996% D2O99.996% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
180 mM NaCl 7ambient 273 K
280 mM NaCl 7ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR5.2Variancollection
Felix2000MSIデータ解析
Discover95MSI構造決定
Discover95MSI精密化
精密化手法: simulated annealing, energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure is based on a total of 149 interproton distance restraints, 18 hydrogen bond restraints, and 59 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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