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- PDB-1ntg: Crystal Structure of the EMAP II-like Cytokine Released from huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ntg
タイトルCrystal Structure of the EMAP II-like Cytokine Released from human tyrosyl-tRNA Synthetase
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / small molecule binding / response to starvation / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process ...interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / small molecule binding / response to starvation / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process / RNA binding / extracellular space / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosine-tRNA ligase / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Nucleic acid-binding proteins / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...: / Tyrosine-tRNA ligase / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Nucleic acid-binding proteins / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Yang, X.-L. / Skene, R.J. / Mcree, D.E. / Schimmel, P.
引用ジャーナル: Helv.Chim.Acta / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of an EMAP-II-like Cytokine Released from a human tRNA Synthetase
著者: Yang, X.-L. / Liu, J. / Skene, R.J. / McRee, D.E. / Schimmel, P.
履歴
登録2003年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
C: Tyrosyl-tRNA synthetase
D: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4964
ポリマ－76,4964
非ポリマー00
水3,279182
1
A: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1241
ポリマ－19,1241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1241
ポリマ－19,1241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1241
ポリマ－19,1241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1241
ポリマ－19,1241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.621, 59.515, 71.591
Angle α, β, γ (deg.)103.51, 109.95, 101.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 19124.049 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TyrRS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YARS / プラスミド: PET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54577, tyrosine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: ammonium sulfate, Sodium phosphate mono-basic, potassium phosphate di-basic, acetone, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12.8 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Msodium potassium phosphate1reservoirpH6.9
32 %acetone1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年10月30日
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→20 Å / Num. all: 39281 / Num. obs: 39281 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル解像度: 2.21→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 83.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EMAP II structure (PDB 1FL0)

1fl0


解像度: 2.21→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.296 1786 RANDOM
Rwork0.251 --
all-39761 -
obs-35773 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5320 0 0 182 5502
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.54
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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