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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nt9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Complete 12-subunit RNA polymerase II | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / TRANSFERASE / DNA-dependent RNA polymerase / cellular RNA polymerase / multisubunit complex / gene expression / mRNA / messenger RNA synthesis | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of translational initiation / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translation initiation factor binding / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / mRNA processing / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / single-stranded DNA binding / ribosome biogenesis / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Armache, K.-J. / Kettenberger, H. / Cramer, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003タイトル: Architecture of initiation-competent 12-subunit RNA polymerase II 著者: Armache, K.-J. / Kettenberger, H. / Cramer, P. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 1nt9.cif.gz | 155.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb1nt9.ent.gz | 81.2 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 1nt9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 1nt9_validation.pdf.gz | 381.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 1nt9_full_validation.pdf.gz | 381.3 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 1nt9_validation.xml.gz | 979 B | 表示 | |
| CIF形式データ | 1nt9_validation.cif.gz | 35 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/1nt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/1nt9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 1i6hS S: 精密化の開始モデル |
|---|---|
| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| 単位格子 |
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要素
-DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II ... , 5種, 5分子 ACGIK
| #1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
|---|---|
| #3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #7: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
| #9: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #11: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 BD
| #2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
|---|---|
| #4: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Numbering of resiudes D10-D24 is arbitrary 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III ... , 5種, 5分子 EFHJL
| #5: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
|---|---|
| #6: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #8: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #10: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
| #12: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 5.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 20000, ammonium sodium phosphate, sodium chloride, dioxane, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K |
|---|---|
| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9185 Å |
| 検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月2日 |
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
| 放射波長 | 波長: 0.9185 Å / 相対比: 1 |
| 反射 | 解像度: 4.2→50 Å / Num. all: 83431 / Num. obs: 83431 / % possible obs: 93.8 % / Rsym value: 0.093 |
| 反射 シェル | 解像度: 4.2→4.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.363 / % possible all: 89.5 |
| 反射 | *PLUS 最高解像度: 4.2 Å / 最低解像度: 50 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 |
| 反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 4.2 Å / % possible obs: 89.5 % / Num. unique obs: 7893 |
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解析
| ソフトウェア |
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB ENTRY 1I6H 解像度: 4.2→50 Å / σ(F): 0 詳細: Model was fitted into electron densities, no least square minimization was performed
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.2→50 Å
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| ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||
| 精密化 | *PLUS | ||||||||||||
| 溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
| 原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
| 拘束条件 | *PLUS
|
ムービー
コントローラー
万見について





X線回折
引用













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