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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nt8
タイトルStructural Characterisation of the Holliday junction formed by the sequence CCGGTACCGG at 2.00 A
要素5'-d(CpCpGpGpTpApCpCpGpG)-3'
キーワードDNA / Holliday Junction / Calcium ion
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
Model detailsThe structure is the more symmetrical form of the Holliday Junction with two calcium ions present
データ登録者Cardin, C.J. / Gale, B.C. / Thorpe, J.H. / Texieira, S.C.M. / Gan, Y. / Moraes, M.I.A.A. / Brogden, A.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Analysis of two Holliday Junctions formed by the sequences TCGGTACCGA and CCGGTACCGG
著者: Cardin, C.J. / Gale, B.C. / Thorpe, J.H. / Texieira, S.C.M. / Gan, Y. / Moraes, M.I.A.A. / Brogden, A.L.
履歴
登録2003年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-d(CpCpGpGpTpApCpCpGpG)-3'
B: 5'-d(CpCpGpGpTpApCpCpGpG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1724
ポリマ－6,0922
非ポリマー802
水66737
1
A: 5'-d(CpCpGpGpTpApCpCpGpG)-3'
B: 5'-d(CpCpGpGpTpApCpCpGpG)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-d(CpCpGpGpTpApCpCpGpG)-3'
B: 5'-d(CpCpGpGpTpApCpCpGpG)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3448
ポリマ－12,1844
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.949, 23.756, 37.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-110-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 5'-d(CpCpGpGpTpApCpCpGpG)-3'


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MPD, Calcium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→34.92 Å / Num. all: 6058 / Num. obs: 4276 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 4.18
反射 シェル解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique all: 624 / Rsym value: 0.849 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
XTALVIEW精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→34.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 4.868 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28262 167 4.5 %RANDOM
Rwork0.24659 ---
obs0.24834 3539 97.37 %-
all-4940 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å20 Å2-0.77 Å2
2--2.84 Å20 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 2 37 443
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.7683694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7793472
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.02210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.170.251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2270.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1170.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2820.222
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0430.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3780.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6133452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.774.5694
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.207 9
Rwork0.233 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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