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万見
- PDB-1nt4: Crystal structure of Escherichia coli periplasmic glucose-1-phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nt4
タイトルCrystal structure of Escherichia coli periplasmic glucose-1-phosphatase H18A mutant complexed with glucose-1-phosphate
要素Glucose-1-phosphatase
キーワードHYDROLASE / alpha domain / alpha-beta domain / occluded active site / enzyme-substrate complex / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphatase / inositol hexakisphosphate 3-phosphatase activity / glucose-1-phosphatase activity / sugar-phosphatase activity / glucose catabolic process / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Histidine acid phosphatases active site signature. / : / Histidine acid phosphatases phosphohistidine signature. / Histidine acid phosphatase active site / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / Glucose-1-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lee, D.C. / Cottrill, M.A. / Forsberg, C.W. / Jia, Z. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Functional insights revealed by the crystal structures of Escherichia coli glucose-1-phosphatase.
著者: Lee, D.C. / Cottrill, M.A. / Forsberg, C.W. / Jia, Z.
履歴
登録2003年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.02021年8月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id / _pdbx_chem_comp_identifier.identifier / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2
改定 2.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphatase
B: Glucose-1-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5954
ポリマ－87,0742
非ポリマー5202
水6,323351
1
A: Glucose-1-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7972
ポリマ－43,5371
非ポリマー2601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucose-1-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7972
ポリマ－43,5371
非ポリマー2601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.263, 156.263, 84.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Glucose-1-phosphatase / G1Pase


分子量: 43537.117 Da / 分子数: 2 / 変異: H18A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: AGP OR B1002 / プラスミド: pBR322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SBS1572 / 参照: UniProt: P19926, glucose-1-phosphatase
#2: 糖 ChemComp-XGP / 1-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / 1-O-phosphono-beta-D-glucose / 1-O-phosphono-D-glucose / 1-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Glcp1PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulfate, PEG 500 mme, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 6.25 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
21.75-1.2 Mammonium sulfate1reservoir
325 %(w/v)PEG5000 MME1reservoir
40.05 MMES1reservoirpH6.25

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1.2146, 1.2149, 1.3190
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.21461
21.21491
31.3191
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 27106 / Num. obs: 27106 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.45 % / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3023 / Rsym value: 0.271 / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
Num. obs: 27760 / Num. measured all: 95761 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.1 % / Rmerge(I) obs: 0.271

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 1388 -random
Rwork0.218 ---
all0.228 27760 --
obs0.218 26181 91.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6116 0 32 351 6499
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.42
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 1388 -
Rwork0.218 --
obs-27760 91.9 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.2179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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