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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nrw | ||||||
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タイトル | The structure of a HALOACID DEHALOGENASE-LIKE HYDROLASE FROM B. SUBTILIS | ||||||
要素 | hypothetical protein, haloacid dehalogenase-like hydrolase仮説 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / structural genomics (構造ゲノミクス) / Bacillus subtilis (枯草菌) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / phosphatase activity / magnesium ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Kim, Y. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Collart, F. / Quartey, P. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The structure of a HALOACID DEHALOGENASE-LIKE HYDROLASE FROM B. SUBTILIS 著者: Cuff, M.E. / Kim, Y. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Collart, F. / Quartey, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nrw.cif.gz | 79.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nrw.ent.gz | 61.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nrw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/1nrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/1nrw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32547.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: YWPJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P94592 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 400, sodium/potassium phosphate, sodium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97948,0.97959,0.95372 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月19日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: sagitally focused Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 38821 / Num. obs: 36714 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 21.1 Å2 / Limit h max: 31 / Limit h min: 0 / Limit k max: 40 / Limit k min: 0 / Limit l max: 54 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 298130.29 / Observed criterion F min: 0.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→31.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Bulk solvent / Bsol: 75.5048 Å2 / ksol: 0.369634 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 75.59 Å2 / Biso mean: 26.09 Å2 / Biso min: 9.36 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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