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- PDB-1nri: Crystal Structure of Putative Phosphosugar Isomerase HI0754 from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nri
タイトルCrystal Structure of Putative Phosphosugar Isomerase HI0754 from Haemophilus influenzae
要素Hypothetical protein HI0754
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical Protein / Haemophilus influenzae / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


amino sugar catabolic process / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase / N-acetylmuramic acid catabolic process / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / ether hydrolase activity / carbon-oxygen lyase activity / peptidoglycan turnover / carbohydrate derivative binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase MurQ / C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 ...N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase MurQ / C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, Y. / Quartey, P. / Ng, R. / Zarembinski, T.I. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Hypothetical protein HI0754 from Haemophilus influenzae
著者: Kim, Y. / Quartey, P. / Ng, R. / Zarembinski, T.I. / Joachimiak, A.
履歴
登録2003年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein HI0754


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2121
ポリマ－33,2121
非ポリマー00
水3,531196
1
A: Hypothetical protein HI0754

A: Hypothetical protein HI0754


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4242
ポリマ－66,4242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area7950 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area17660 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.656, 41.272, 77.252
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.76, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細dimer, the second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x,y,1-z

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein HI0754


分子量: 33212.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI0754 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P44862
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEGME 5000, Ammonium Sulfate,MES, EDTA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.9793
シンクロトロンAPS 19-ID20.97936, 0.97950, 0.94644
検出器
タイプID検出器日付
SBC-21CCD2001年9月13日
SBC-22CCD2002年3月21日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2double crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.979361
30.97951
40.946441
反射解像度: 1.88→43.5 Å / Num. all: 22432 / Num. obs: 22432 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2198 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→43.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The N-term 11 residues and the C-terminal 47 residues were not built due to poor electron density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 2101 9.9 %RANDOM
Rwork0.2116 ---
obs0.216 21252 96.9 %-
all-21252 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.9602 Å2 / ksol: 0.392679 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.69 Å20 Å24.78 Å2
2---5.49 Å20 Å2
3---10.18 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.25 Å / Luzzati sigma a free: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1843 0 0 196 2039
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.412.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 352 10.5 %
Rwork0.229 3002 -
obs-2981 93 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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