PDB-1nqe: OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nqe

タイトル

OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER (BTUB) FROM E. COLI

要素

Vitamin B12 receptor

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / BETA BARREL / cobalamin / VITAMIN B12 / OUTER MEMBRANE TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type vitamin B12 transporter activity / cobalamin transport / transmembrane transporter complex / porin activity / pore complex / cell outer membrane / monoatomic ion transmembrane transport / protein domain specific binding / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Chimento, D.P. / Mohanty, A.K. / Kadner, R.J. / Wiener, M.C.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Substrate-induced transmembrane signaling in the cobalamin transporter BtuB
著者: Chimento, D.P. / Mohanty, A.K. / Kadner, R.J. / Wiener, M.C.

履歴

登録	2003年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月16日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nqe.cif.gz	133.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nqe.ent.gz	102.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nqe.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1nqe_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1nqe_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	1nqe_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	1nqe_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nqe	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1nqfSC 1nqgC 1nqhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rgn-d 1nqg-d 3rgm-d 3m8b-d 3n9y-2 1nqf-d 3n9y-1 7bhs-1 4kvl-d 2guf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Vitamin B12 receptor

ヘテロ分子

68.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.590, 81.590, 210.078
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Vitamin B12 receptor / OUTER MEMBRANE COBALAMIN TRANSPORTER 分子量: 66386.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: btuB / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)plysS / 参照: UniProt: P06129
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE 分子量: 306.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.54 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 3350, magnesium acetate, bis-tris, n-octyl tetraoxyethylene , pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

詳細: Chimento, D.P., (2003) Acta Crystallogr., Sect.D, 59, 509.

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	12 mg/ml	protein	1	drop
2	200-400 mM	magnesium acetate	1	reservoir
3	4-7 %	PEG3350	1	reservoir
4	50 mM	cacodylate	1	reservoir	pH6.6
5	20 mM		1	reservoir		C8E4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月26日 / 詳細: Rh-coated Si mirror
放射	モノクロメーター: Bent triangular asymmetric cut Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25 Å / Num. all: 56085 / Num. obs: 55698 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 31.5
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.69 / Num. unique all: 5362 / R_sym value: 0.412 / % possible all: 97.8
反射	PLUS 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 55620 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs*: 0.065
反射シェル	PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.18 Å / % possible obs: 97.8 % / R_merge(I) obs*: 0.412

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NQF

1nqf

解像度: 2→24.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 3.83 / SU ML: 0.105 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE AVERAGE ISOTROPIC B VALUE IS AN AVERAGE RESIDUAL B FACTOR.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23154	2793	5 %	RANDOM
R_work	0.1943	-	-	-
all	0.19618	56085	-	-
obs	0.19618	52523	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.151 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.51 Å²	0.76 Å²	0 Å²
2-	-	1.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.27 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.142 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4350	0	148	235	4733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	4595
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.084	0.02	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.626	1.945	6192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.211	3	9366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.206	5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.031	0.02	989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.328	0.2	4820
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.099	0.2	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.506	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.398	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.146	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.434	1.5	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.675	2	4324
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	14.006	3	1899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.629	4.5	1868

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.324	190
R_work	0.257	3603

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9622	0.1701	0.1581	0.5906	-0.0087	0.5616	-0.0132	0.0348	-0.0466	-0.0201	0.0056	0.0595	0.0754	-0.0958	0.0076	0.1078	0.0788	0.0056	0.0587	-0.0055	0.0899	-5.2416	61.7071	22.3128
2	0.3303	-0.0181	0.0517	0.3361	0.0628	0.258	-0.0181	0.0631	-0.0065	-0.0242	0.0085	0.0232	0.0291	-0.051	0.0096	0.1123	0.0503	0.0186	0.0859	0.0059	0.1033	-3.5791	62.9675	19.9068

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 136	6 - 136
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	137 - 594	137 - 594

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 25 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.232 / R_factor R_work: 0.194

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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