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万見
- PDB-1nqb: TRIVALENT ANTIBODY FRAGMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nqb
タイトルTRIVALENT ANTIBODY FRAGMENT
要素SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT
キーワードIMMUNOGLOBULIN / ANTIBODY FRAGMENT / MULTIVALENT ANTIBODY / DIABODY / DOMAIN SWAPPING
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Williams, R.L. / Pei, X.Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The 2.0-A resolution crystal structure of a trimeric antibody fragment with noncognate VH-VL domain pairs shows a rearrangement of VH CDR3.
著者: Pei, X.Y. / Holliger, P. / Murzin, A.G. / Williams, R.L.
履歴
登録1997年4月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT
C: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7552
ポリマ－56,7552
非ポリマー00
水8,593477
1
A: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT
C: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT

A: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT
C: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT

A: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT
C: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,2656
ポリマ－170,2656
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PQS
2
A: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT

A: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT

A: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1333
ポリマ－85,1333
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5060 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area32120 Å2
手法PISA
3
C: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT

C: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT

C: SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1333
ポリマ－85,1333
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area32050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.320, 136.320, 74.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.281213, 0.959633, -0.004829), (0.959644, -0.281202, 0.002888), (0.001414, -0.005446, -0.999984)
ベクター: 0.2754, -0.0755, 45.3868)

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要素

#1: 抗体 SINGLE-CHAIN ANTIBODY FRAGMENT / VARIABLE HEAVY (VH) DOMAIN / VARIABLE LIGHT (VL) DOMAIN


分子量: 28377.535 Da / 分子数: 2
断片: VH DOMAIN RESIDUES 2 - 120, VL DOMAIN RESIDUES 121 - 233
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
細胞株: NQ11 MURINE-MURINE HYBRIDOMA, B1-8 MURINE-MURINE HYBRIDOMA
遺伝子: B1-8 VH DOMAIN FUSED TO NQ11 V / プラスミド: B18NQ11 / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED
遺伝子 (発現宿主): B1-8 VH DOMAIN FUSED TO NQ11 VL DOMAIN
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1TR / 参照: UniProt: P01751
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 30% 2-PROPANOL, 0.2M NA CITRATE, 0.1M NA CACODYLATE PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 %2-propanol1reservoir
20.1 MNa cacodylate1reservoir
30.2 MNa citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: BENT CYLINDRICAL GE(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 33839 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Mean I/σ(I) obs: 12 / Rsym value: 0.174 / % possible all: 98.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 95579
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JEL

1jel
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→6 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: INDIVIDUAL ISOTROPIC B FA / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1649 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 33679 96.84 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.9 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3622 0 0 477 4099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.41
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.109
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.871.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.6362
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.4392
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.862.5
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 1 / Weight position: 300

Ens-IDDom-IDNCS model detailsRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
11RESTRAINTS1.361.167
221.0521.4077
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2908 227 5.383 %
Rwork0.271 3903 -
obs--96.84 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 31030
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.109
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.271

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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