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万見
- PDB-1nq6: Crystal Structure of the catalytic domain of xylanase A from Stre... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nq6
タイトルCrystal Structure of the catalytic domain of xylanase A from Streptomyces halstedii JM8
要素Xys1
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 10 / XYLANASE / XYLAN DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / polysaccharide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. ...Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 10, active site / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) active site. / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces halstedii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Canals, A. / Vega, M.C. / Gomis-Ruth, F.X. / Santamaria, R.I. / Coll, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of xylanase Xys1delta from Streptomyces halstedii.
著者: Canals, A. / Vega, M.C. / Gomis-Ruth, F.X. / Diaz, M. / Santamaria R, R.I. / Coll, M.
履歴
登録2003年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xys1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6382
ポリマ－32,6141
非ポリマー241
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.050, 79.600, 87.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Xys1


分子量: 32614.070 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces halstedii (バクテリア)
株: JM8 / 遺伝子: xysA / プラスミド: pJM9 / 発現宿主: Streptomyces parvulus (バクテリア) / 株 (発現宿主): JI2283 / 参照: UniProt: Q59922, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, MAGNESIUM CHLORIDE, SODIUM ACETATE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 mg/mlprotein1drop
210 %PEG40001reservoir
30.1 M1reservoirMgCl2
40.1 Msodium acetate1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.885 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月22日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.885 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.782→24.818 Å / Num. all: 23589 / Num. obs: 22905 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 9.453 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.78→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.084 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / % possible all: 85.8
反射
*PLUS
最高解像度: 1.78 Å / 最低解像度: 25 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. measured all: 78251
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.8 % / 冗長度: 2.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E0W

1e0w


解像度: 1.78→24.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.269 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17643 1658 7.3 %RANDOM
Rwork0.14515 ---
all0.1484 22865 --
obs0.14745 21207 96.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→24.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2297 0 1 341 2639
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.091.9173200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0295301
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2916
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.10.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1620.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.235
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3871.51493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71722374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2453862
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.954.5821
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.218 90
Rwork0.163 1118
obs-1118
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8023-0.3863-0.85511.0435-0.1080.88020.13390.0587-0.0112-0.1049-0.10620.02910.0413-0.0292-0.02770.04740.01740.00170.0488-0.01010.02396.2512-12.19734.0898
20.00750.3190.10530.15480.14440.4761-0.00740.0326-0.0505-0.04060.00670.0020.0287-0.01040.00080.03490.00960.00420.037-0.00390.03815.4149-2.287613.8189
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2A1002 - 1035
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.09
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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