PDB-1nq4: Solution Structure of Oxytetracycline Acyl Carrier Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nq4

タイトル

Solution Structure of Oxytetracycline Acyl Carrier Protein

要素

Oxytetracycline polyketide synthase acyl carrier protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / solution structure / oxytetracycline / polyketide synthase / dynamics / ACP

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces rimosus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Findlow, S.C. / Winsor, C. / Simpson, T.J. / Crosby, J. / Crump, M.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Solution structure and dynamics of oxytetracycline polyketide synthase acyl carrier protein from Streptomyces rimosus
著者: Findlow, S.C. / Winsor, C. / Simpson, T.J. / Crosby, J. / Crump, M.P.

履歴

登録	2003年1月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nq4.cif.gz	744.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nq4.ent.gz	626.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/1nq4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2jrh-d 5xiu-d 5kvr-d 2cqc-d 1scv-d 1sbj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 71541H and 15N chemical shift data entry

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Oxytetracycline polyketide synthase acyl carrier protein

9.92 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	28 / 60	low energy conformers with no NOE violations exceeding 0.3A
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Oxytetracycline polyketide synthase acyl carrier protein 分子量: 9922.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces rimosus (バクテリア) 遺伝子: otcY1-3 / プラスミド: pT-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P43677

#1: タンパク質

Oxytetracycline polyketide synthase acyl carrier protein

分子量: 9922.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptomyces rimosus (バクテリア)
遺伝子: otcY1-3 / プラスミド: pT-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: P43677

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY
1	4	1	DQF-COSY
1	5	1	HNHA
1	6	1	1H-15N HSQC
1	7	1	3D 15N-separated TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 2mM otc ACP U-15N; 20mM acetate buffer; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0.15 / pH: 5.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio	解析
PIPP	Dan Garrett	データ解析
X-PLOR	Alex T Brunger	構造決定
X-PLOR	Alex T Brunger	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: structures are based on a total of 1131 restraints, 1054 are NOE-derived distance constraints, 77 dihedral angle restraints,76 distance restraints from hydrogen bonds

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: low energy conformers with no NOE violations exceeding 0.3A
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 28

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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