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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nq2 | ||||||
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タイトル | Two RTH Mutants with Impaired Hormone Binding | ||||||
![]() | Thyroid hormone receptor beta-1 | ||||||
![]() | HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / ALPHA HELICAL / LIGAND BINDING DOMAIN / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell differentiation / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huber, B.R. / Sandler, B. / West, B.L. / Cunha-Lima, S.T. / Nguyen, H.T. / Apriletti, J.W. / Baxter, J.D. / Fletterick, R.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two resistance to thyroid hormone mutants with impaired hormone binding 著者: Huber, B.R. / Sandler, B. / West, B.L. / Cunha-Lima, S.T. / Nguyen, H.T. / Apriletti, J.W. / Baxter, J.D. / Fletterick, R.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29755.361 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-4HY / [ | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ARS / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.39 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 700 mM sodium acetate, 200mM sodium succinate 100mM sodium cacodylate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE 詳細: Pt-coated, fused silica, vertical focusmirror, Cyclindrically bent triangular Si asymmetric cut, horizontal focus monochromator |
放射 | モノクロメーター: Cyclindrically bent triangular Si asymmetric cut, horizontal focus monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 96808 / Num. obs: 96581 / % possible obs: 99.76 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 25.122 % / Biso Wilson estimate: 40.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 105.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 13799 / % possible obs: 93.3 % / Num. measured all: 54104 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: THYROID HORMONE RECEPTOR BETA WITH TRIAC BOUND (unpublished) 解像度: 2.4→30 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 6.881 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 12403 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.259 / Rfactor Rwork: 0.222 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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