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- PDB-1npo: BOVINE NEUROPHYSIN II COMPLEX WITH OXYTOCIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1npo
タイトルBOVINE NEUROPHYSIN II COMPLEX WITH OXYTOCIN
要素
  • (NEUROPHYSIN II) x 2
  • OXYTOCIN
キーワードCOMPLEX (HORMONE TRANSPORT/HORMONE) / COMPLEX (HORMONE TRANSPORT-HORMONE) / HYPOTHALAMUS / COMPLEX (HORMONE TRANSPORT-HORMONE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


neurohypophyseal hormone activity / V1A vasopressin receptor binding / neuropeptide hormone activity / vasoconstriction / secretory granule / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Neurophysin II; Chain A / Neurohypophysial hormone domain / Neurohypophysial hormone / Neurohypophysial hormone, conserved site / Neurohypophysial hormone domain superfamily / Neurohypophysial hormones, C-terminal Domain / Neurohypophysial hormones, N-terminal Domain / Neurohypophysial hormones signature. / Neurohypophysial hormones / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vasopressin-neurophysin 2-copeptin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Rose, J.P. / Wang, B.-C.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the neurophysin-oxytocin complex.
著者: Rose, J.P. / Wu, C.K. / Hsiao, C.D. / Breslow, E. / Wang, B.C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1991
タイトル: Crystal Structure of a Bovine Neurophysin II Dipeptide Complex at 2.8 A Determined from the Single-Wavelength Anomalous Scattering Signal of an Incorporated Iodine Atom
著者: Chen, L.Q. / Rose, J.P. / Breslow, E. / Yang, D. / Chang, W.R. / Furey Junior, W.F. / Sax, M. / Wang, B.C.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1988
タイトル: Crystals of Modified Bovine Neurophysin II
著者: Rose, J.P. / Yang, D. / Yoo, C.S. / Sax, M. / Breslow, E. / Wang, B.C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Crystals of a Bovine Neurophysin II-Dipeptide Amide Complex
著者: Yoo, C.S. / Wang, B.C. / Sax, M. / Breslow, E.
履歴
登録1996年2月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEUROPHYSIN II
B: OXYTOCIN
C: NEUROPHYSIN II
D: OXYTOCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7434
ポリマ－21,7434
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8620 Å2
手法PISA
2
A: NEUROPHYSIN II
B: OXYTOCIN

A: NEUROPHYSIN II
B: OXYTOCIN

C: NEUROPHYSIN II
D: OXYTOCIN

C: NEUROPHYSIN II
D: OXYTOCIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4868
ポリマ－43,4868
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z+1/41
crystal symmetry operation5_655-x+3/2,y+1/2,-z+1/41
Buried area6320 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area16310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.050, 69.050, 113.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 NEUROPHYSIN II / BNPII


分子量: 9890.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: POSTERIOR PITUITARY GLAND / 参照: UniProt: P01180
#2: タンパク質・ペプチド OXYTOCIN / OT


分子量: 1010.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
#3: タンパク質 NEUROPHYSIN II / BNPII


分子量: 9832.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: POSTERIOR PITUITARY GLAND / 参照: UniProt: P01180

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: DATA WAS COLLECTED IN 2 ORIENTATIONS.
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.8
結晶化
*PLUS
温度: 18 K / pH: 6 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112.5 mg/mlNP11
20.2 %(w/v)sodium azide11
3OT acetate salt111.7mg
4ammonium sulfate11saturated, 0.02ml per well

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1990年6月6日 / 詳細: SUPPER MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 3 Å / Num. obs: 5924 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 29.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. all: 5928 / Num. measured all: 38324

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGEN2データ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENV. 2.0データ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 3→8 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 527 9.79 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 5382 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 30.13 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1513 0 0 0 1513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.56
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d2.79
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.12 Å /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.228 559 -
obs--94 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARCSDX.PROTOPCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg2.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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