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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1npk | ||||||
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タイトル | REFINED X-RAY STRUCTURE OF DICTYOSTELIUM NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE AT 1,8 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
![]() | PHOSPHOTRANSFERASE(PO4 AS ACCEPTOR) | ||||||
機能・相同性 | ![]() dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process ...dGTP biosynthetic process from dGDP / Azathioprine ADME / Ribavirin ADME / asexual reproduction / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside triphosphate biosynthetic process / negative regulation of pinocytosis / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / negative regulation of exocytosis / negative regulation of phagocytosis / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / translational elongation / phagocytic vesicle / secretory granule / response to bacterium / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Janin, J. / Morera, S. / Lebras, G. / Lascu, I. / Veron, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined X-ray structure of Dictyostelium discoideum nucleoside diphosphate kinase at 1.8 A resolution. 著者: Morera, S. / LeBras, G. / Lascu, I. / Lacombe, M.L. / Veron, M. / Janin, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16685.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P22887, nucleoside-diphosphate kinase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 14427 / % possible obs: 93.5 % / Num. measured all: 57800 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.9 Å / % possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.35 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 23.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.28 |