+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1npj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of H145A mutant of nitrite reductase from Alcaligenes faecalis | ||||||
要素 | Copper-containing nitrite reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / copper nitrite reductase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Alcaligenes faecalis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wijma, H.J. / Boulanger, M.J. / Molon, A. / Fittipaldi, M. / Huber, M. / Murphy, M.E. / Verbeet, M.P. / Canters, G.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Reconstitution of the type-1 active site of the H145G/A variants of nitrite reductase by ligand insertion 著者: Wijma, H.J. / Boulanger, M.J. / Molon, A. / Fittipaldi, M. / Huber, M. / Murphy, M.E. / Verbeet, M.P. / Canters, G.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1npj.cif.gz | 228.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1npj.ent.gz | 179.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1npj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/1npj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/1npj | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36996.820 Da / 分子数: 3 / 変異: H145A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア) 遺伝子: NIRK OR NIR / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174DE3 / 参照: UniProt: P38501, EC: 1.7.99.3 #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.86 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 8000, sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年10月10日 / 詳細: osmic mirrors |
放射 | モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 73819 / Num. obs: 64626 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 86 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.088 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 86 % / Num. unique obs: 12511 / Rmerge(I) obs: 0.261 / Mean I/σ(I) obs: 4.65 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1J9Q 解像度: 1.9→31.41 Å / Data cutoff high absF: 2190210.08 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.8665 Å2 / ksol: 0.335529 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.8 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.41 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Total num. of bins used: 6 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.174 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|