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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1noq | ||||||||||||||||||
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タイトル | e-motif structure | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / e-Motif / (ccg)2 DNA duplex | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / distance geometry, restraint molecular dynamics | データ登録者 | Zheng, M. / Huang, X. / Smith, G.K. / Yang, X. / Gao, X. | 引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996 | タイトル: Genetically unstable CXG repeats are structurally dynamic and have a high propensity for folding. An NMR and UV spectroscopic study. 著者: Zheng, M. / Huang, X. / Smith, G.K. / Yang, X. / Gao, X. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1noq.cif.gz | 50.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1noq.ent.gz | 31.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1noq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1noq_validation.pdf.gz | 305.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1noq_full_validation.pdf.gz | 336.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1noq_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1noq_validation.cif.gz | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1noq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/1noq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1770.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: this sequence is found in CCG and/or CGG triplet repeat expansion in the 5'-untranslated region of FMR1 gene of fragile X syndrome. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques |
-試料調製
詳細 | 内容: 2 mM 5'-d(CCGCCG), 0.1 M NaCl, 10 mM Sodium Phosphate, 0.1 mM EDTA 溶媒系: 90 % H20, 10 % D2O |
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試料状態 | pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 278 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: distance geometry, restraint molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: the structures are determined with a total of 442 restraints: 430 are NOE-derived distance constraints based on ISPA (isolated spin pair approximation) and 12 are dihedral angle restraints ...詳細: the structures are determined with a total of 442 restraints: 430 are NOE-derived distance constraints based on ISPA (isolated spin pair approximation) and 12 are dihedral angle restraints from the analyses of the COSY type of spectra. | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 6 / 登録したコンフォーマーの数: 6 |