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万見
- PDB-1no5: Structure of HI0073 from Haemophilus influenzae, the nucleotide b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1no5
タイトルStructure of HI0073 from Haemophilus influenzae, the nucleotide binding domain of the HI0073/HI0074 two protein nucleotidyl transferase.
要素Hypothetical protein HI0073
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HI0073 / HI0074 / nucleotidyl transferase / Structure 2 Function Project / S2F
機能・相同性
機能・相同性情報


protein adenylyltransferase / nucleotidyltransferase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable protein adenylyltransferase MntA
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lehmann, C. / Pullalarevu, S. / Galkin, A. / Krajewski, W. / Willis, M.A. / Howard, A. / Herzberg, O. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Structure of HI0073 from Haemophilus influenzae, the nucleotide-binding domain of a two-protein nucleotidyl transferase
著者: Lehmann, C. / Pullalarevu, S. / Krajewski, W. / Willis, M.A. / Galkin, A. / Howard, A. / Herzberg, O.
履歴
登録2003年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein HI0073
B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,22314
ポリマ－26,3922
非ポリマー83012
水5,477304
1
A: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6157
ポリマ－13,1961
非ポリマー4196
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6077
ポリマ－13,1961
非ポリマー4116
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Hypothetical protein HI0073
B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein HI0073
B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein HI0073
B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,66842
ポリマ－79,1776
非ポリマー2,49136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area9060 Å2
ΔGint-886 kcal/mol
Surface area32750 Å2
手法PISA
4
A: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

A: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,66842
ポリマ－79,1776
非ポリマー2,49136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z+1/21
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/21
crystal symmetry operation6_655x-y+1,x,z+1/21
Buried area8570 Å2
ΔGint-872 kcal/mol
Surface area33240 Å2
手法PISA
5
A: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,22314
ポリマ－26,3922
非ポリマー83012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z+1/21
Buried area2180 Å2
ΔGint-281 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
6
A: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子

B: Hypothetical protein HI0073
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,22314
ポリマ－26,3922
非ポリマー83012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area11730 Å2
手法PISA
7


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.56, 89.56, 61.48
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hypothetical protein HI0073


分子量: 13196.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: HI0073 / プラスミド: pHI0073 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: P43933

-
非ポリマー , 5種, 316分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% 2-Propanol, 0.1 M Sodium cacodylate, 0.2 M Zn(acetate)2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mMTris-HCl1droppH7.5
21 mMEDTA1drop
315 mg/mlprotein1drop
411 %2-propanol1reservoir
50.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.5
60.2 Mzinc acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月13日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal system / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.79 Å / Num. all: 51005 / Num. obs: 51005 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Net I/σ(I): 32.14
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2558 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 19.8 Å / % possible obs: 0.028 % / Num. measured all: 960910
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.85 Å / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.79 Å / Num. parameters: 7935 / Num. restraintsaints: 6841 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2532 5.2 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
all-48448 --
obs-48448 100 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1975
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 25 304 1975
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0274
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.05
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.105
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 19.8 Å / Rfactor obs: 0.201 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_chiral_restr0.05

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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