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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1nn5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human thymidylate kinase with d4TMP + AppNHp | ||||||
要素 | Similar to deoxythymidylate kinase (thymidylate kinase) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / thymidylate kinase / p-loop / d4TMP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidine biosynthetic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / myoblast differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / response to cadmium ion ...thymidine biosynthetic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / myoblast differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / response to cadmium ion / cellular response to growth factor stimulus / response to estrogen / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ostermann, N. / Segura-Pena, D. / Meier, C. / Veit, T. / Monnerjahn, M. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003 タイトル: Structures of human thymidylate kinase in complex with prodrugs: implications for the structure-based design of novel compounds 著者: Ostermann, N. / Segura-Pena, D. / Meier, C. / Veit, T. / Monnerjahn, M. / Konrad, M. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1nn5.cif.gz | 64.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1nn5.ent.gz | 45.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1nn5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1nn5_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1nn5_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1nn5_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1nn5_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/1nn5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24052.533 Da / 分子数: 1 / 変異: R200A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23919, dTMP kinase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2DT / | #4: 化合物 | ChemComp-ANP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 % | |||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15-20% PEG 3350, 100 mM Tris/HCl, pH 8.0, 5% filtered dead sea water, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9076 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9076 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→35.5 Å / Num. obs: 41213 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.11 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.6 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.65 / Rsym value: 0.311 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 182998 / Rmerge(I) obs: 0.05 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.311 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.5→35.5 Å / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.5 Å
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精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 41208 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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