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- PDB-1nn4: Structural Genomics, RpiB/AlsB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nn4
タイトルStructural Genomics, RpiB/AlsB
要素Ribose 5-phosphate isomerase B
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / alpha/beta/alpha sandwich / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


D-allose 6-phosphate isomerase activity / D-allose catabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch
類似検索 - 分子機能
: / Ribose 5-phosphate isomerase B / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB superfamily / Ribose/Galactose Isomerase / Ribose 5-phosphate Isomerase B; Chain: A, / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribose-5-phosphate isomerase B
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, R.G. / Andersson, C.E. / Mowbray, S.L. / Savchenko, A. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Beasley, S.L. / Arrowsmith, C. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The 2.2 A resolution structure of RpiB/AlsB from Escherichia coli illustrates a new approach to the ribose-5-phosphate isomerase reaction.
著者: Zhang, R.G. / Andersson, C.E. / Skarina, T. / Evdokimova, E. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Mowbray, S.L.
履歴
登録2003年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose 5-phosphate isomerase B
B: Ribose 5-phosphate isomerase B
C: Ribose 5-phosphate isomerase B
D: Ribose 5-phosphate isomerase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9234
ポリマ－69,9234
非ポリマー00
水5,368298
1
A: Ribose 5-phosphate isomerase B
D: Ribose 5-phosphate isomerase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9622
ポリマ－34,9622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
2
B: Ribose 5-phosphate isomerase B
C: Ribose 5-phosphate isomerase B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9622
ポリマ－34,9622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11740 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.588, 145.588, 74.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
詳細There are 4 monomers (two dimers) in asymmetric unit. The biological assembly of two dimers are generated by Chains A/D, and B/C.

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要素

#1: タンパク質
Ribose 5-phosphate isomerase B / Phosphoriboisomerase B / RPIB/ALSB


分子量: 17480.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: RPIB / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37351, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.59 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3M Na Acetate, 4% Ethylene Glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 M1reservoirNaCl
20.05 MHEPES1reservoirpH6.8-7.5
350 mMTris-HCl1droppH7.8
4150 mM1dropNaCl
55 mMMESNA1drop
621 mg/mlprotein1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795, 0.9797, 0.94656
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
20.97971
30.946561
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 39615 / Num. obs: 38823 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 6.83 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3858 / % possible all: 97.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 265246

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→36.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The number of reflections for refinement is greater than the number of reflections for data collection, because in CNS (hlml taget) refinement, the Friedel's pair was treated as two seperated reflections.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 3432 4.9 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.217 69714 89.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.2991 Å2 / ksol: 0.363482 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.82 Å20 Å20 Å2
2---12.82 Å20 Å2
3---25.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4763 0 0 298 5061
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.052.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 472 4.7 %
Rwork0.372 9657 -
obs--77.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 36.4 Å / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.381 / Rfactor Rwork: 0.373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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