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- PDB-1nlf: Crystal Structure of DNA Helicase RepA in complex with sulfate at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nlf
タイトルCrystal Structure of DNA Helicase RepA in complex with sulfate at 1.95 A resolution
要素Regulatory protein repA
キーワードREPLICATION / replicative DNA helicase structural changes
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Regulatory protein RepA / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulatory protein RepA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Xu, H. / Strater, N. / Schroeder, W. / Bottcher, C. / Ludwig, K. / Saenger, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of DNA helicase RepA in complex with sulfate at 1.95 A resolution implicates structural changes to an "open" form.
著者: Xu, H. / Strater, N. / Schroder, W. / Bottcher, C. / Ludwig, K. / Saenger, W.
履歴
登録2003年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulatory protein repA
B: Regulatory protein repA
C: Regulatory protein repA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1246
ポリマ－89,8363
非ポリマー2883
水13,619756
1
A: Regulatory protein repA
B: Regulatory protein repA
C: Regulatory protein repA
ヘテロ分子

A: Regulatory protein repA
B: Regulatory protein repA
C: Regulatory protein repA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,24812
ポリマ－179,6716
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area18300 Å2
ΔGint-198 kcal/mol
Surface area63880 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)192.3, 55.3, 105.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 122.9, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the crystallographic 2-fold rotation axes parallel to b and stacked face-to-face in a and c directions.

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要素

#1: タンパク質 Regulatory protein repA


分子量: 29945.189 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: REPA / プラスミド: pMS119EH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pGZ18 / 参照: UniProt: P20356
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 756 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, TRIS buffer, magnesium sulfate , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
117 mg/mlprotein1drop
240 mMMES/NaOH1droppH5.8
310 mM1dropMgCl2
480 mM1dropNaCl
51 mMAMP-PNP1drop
6100000 mM(dT)121drop
7200 mM1reservoirMgSO4
8100 mMTris-Cl1reservoirpH8.0
928 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.83432 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.83432 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 87437 / Num. obs: 72794 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 243785
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 6.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 6566 -RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.236 68262 --
obs0.212 64722 94.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5805 0 15 756 6576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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