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万見
- PDB-1nla: Solution Structure of Switch Arc, a Mutant with 3(10) Helices Rep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nla
タイトルSolution Structure of Switch Arc, a Mutant with 3(10) Helices Replacing a Wild-Type Beta-Ribbon
要素Transcriptional repressor arc
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / 3(10) helix / beta-ribbon / beta-sheet (Βシート) / structural switching
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc-like DNA binding domain / Arc-like DNA binding domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor arc
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cordes, M.H. / Walsh, N.P. / McKnight, C.J. / Sauer, R.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Solution structure of Switch Arc, a mutant with 3(10) helices replacing a wild-type beta-ribbon
著者: Cordes, M.H. / Walsh, N.P. / McKnight, C.J. / Sauer, R.T.
履歴
登録2003年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor arc
B: Transcriptional repressor arc


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4122
ポリマ－15,4122
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)13 / 28structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #3closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional repressor arc


分子量: 7705.826 Da / 分子数: 2 / 変異: N11L, L12N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ)
属: P22-like viruses / 遺伝子: ARC / プラスミド: pET800 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03050

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HNHA
141HNHB
353HSQCs (hydrogen exchange)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
14 mM uniform 15N-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc)90% H2O/10% D2O
27.5 mM 10% 13C-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc)90% H2O, 10% D20
35 mM uniform 15N-labelled Arc repressor NL11/LN12 (Switch Arc)100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120mM phosphate 4.8 ambient 303 K
220 mM phosphate 4.8 ambient 303 K
320 mM phosphate, 150 mM KCl 4.67 ambient 303 K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.1Brukercollection
NMRPipe1.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
NMRDraw2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
NMRView3.1Johnston, Blevinsデータ解析
X-PLOR3.1Brunger構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Experimentally derived restraints included 810 nOe distance restraints per monomer, along with 3 hydrogen bond restraints, 31 phi-angle restraints and 3 chi1-angle restraints, for a total of ...詳細: Experimentally derived restraints included 810 nOe distance restraints per monomer, along with 3 hydrogen bond restraints, 31 phi-angle restraints and 3 chi1-angle restraints, for a total of 847 restraints per monomer spanning residues 5-53. Structure calculations were performed using a simulated annealing protocol designed for symmetric dimers (M. Nilges, Proteins Struct. Funct. Gen, 17, 297 (1993)). As starting points for the calculation, 28 structures were generated in which the conformation of the N-terminal region (residues 1-13) was random, and that of the remainder of the protein restrained to be similar to wild-type Arc. The use of completely random starting structures led to extremely poor convergence rates, but those calculations which did converge yielded structures similar to those obtained from calculations using non-random starting structures. Each semi-random starting structure was then annealed to a model structure using the distance, angle and hydrogen bond restraints mentioned above. Two "seed" restraints, Arg 40 HE-Phe 45 HD and Trp 14 HE3-Tyr 38 HE, were described as unambiguously intermolecular. In the wild-type Arc structure, the difference between the intra and intermolecular distances for these atoms is >10 A. Use of the seed restraints improved convergence but again did not alter the qualitative nature of the results. All other NOE distance restraints were described ambiguously using sum potentials. Hydrogen-bond restraints in alpha-helices were described as intramonomer. In the conformational search phase of the calculations, non-bonded interactions were computed only between C-alpha atoms with a van der Waals term of 0.1. 13 of 28 calculated structures were accepted with no angle violations >5 degrees and no more than two nOe violations >0.35 A. These comprise the ensemble submitted here.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 28 / 登録したコンフォーマーの数: 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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