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- PDB-1nkt: CRYSTAL STRUCTURE OF THE SECA PROTEIN TRANSLOCATION ATPASE FROM M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nkt
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE SECA PROTEIN TRANSLOCATION ATPASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS COMPLEX WITH ADPBS
要素Preprotein translocase secA 1 subunit
キーワードPROTEIN TRANSPORT / PREPROTEIN TRANSLOCATION / ATPASE / TRANSMEMBRANE TRANSPORT / HELICASE-LIKE MOTOR DOMAIN / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein targeting / peptidoglycan-based cell wall / ATP hydrolysis activity ...Tolerance of reactive oxygen produced by macrophages / protein-exporting ATPase activity / cell envelope Sec protein transport complex / protein-secreting ATPase / intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein import / protein targeting / peptidoglycan-based cell wall / ATP hydrolysis activity / extracellular region / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site ...Pre-protein croslinking domain of SecA / SecA, preprotein cross-linking domain / Helical scaffold and wing domains of SecA / Helical scaffold and wing domains of SecA / Protein translocase subunit SecA / SecA DEAD-like, N-terminal / SecA Wing/Scaffold / SecA, preprotein cross-linking domain / SecA motor DEAD / SecA conserved site / SecA, Wing/Scaffold superfamily / SecA, preprotein cross-linking domain superfamily / SecA, C-terminal helicase domain / SecA preprotein cross-linking domain / SecA Wing and Scaffold domain / SecA DEAD-like domain / SecA P-loop domain / SecA family signature. / SecA family profile. / SecA DEAD-like domain / SecA preprotein cross-linking domain / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein translocase subunit SecA 1 / Protein translocase subunit SecA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Sharma, V. / Arockiasamy, A. / Ronning, D.R. / Savva, C.G. / Holzenburg, A. / Braunstein, M. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of M. tuberculosis SecA, A Preprotein Translocating ATPase
著者: Sharma, V. / Arockiasamy, A. / Ronning, D.R. / Savva, C.G. / Holzenburg, A. / Braunstein, M. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2003年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprotein translocase secA 1 subunit
B: Preprotein translocase secA 1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,8316
ポリマ－206,9282
非ポリマー9034
水9,836546
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area73180 Å2
手法PISA
2
A: Preprotein translocase secA 1 subunit
B: Preprotein translocase secA 1 subunit
ヘテロ分子

A: Preprotein translocase secA 1 subunit
B: Preprotein translocase secA 1 subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)415,66212
ポリマ－413,8564
非ポリマー1,8068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area17900 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area138140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.050, 206.050, 292.857
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細The biological assembly is probably the dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Preprotein translocase secA 1 subunit


分子量: 103463.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: SECA1 OR SECA OR RV3240C / プラスミド: pET29a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A5Y8, UniProt: P9WGP5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.63 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Tris.HCl, sodium formate, glycerol, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mMTris-HCl1reservoirpH7.5
23.5-3.7 Msodium formate1reservoir
35-10 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11731
21731
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.0332
シンクロトロンAPS 14-BM-D20.9611, 0.9797, 0.98, 1.00348
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2002年7月21日
ADSC QUANTUM 42CCD2001年12月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double-crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.96111
30.97971
40.981
51.003481
反射解像度: 2.4→95.35 Å / Num. all: 139810 / Num. obs: 139810 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.089
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Num. unique all: 13803 / Rsym value: 0.483 / % possible all: 98.2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 13803 / Num. measured all: 139810 / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Num. unique obs: 13803

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.25精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.601→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 10.616 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26498 5631 5.1 %RANDOM
Rwork0.21316 ---
obs0.21574 105541 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.082 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13260 0 56 546 13862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02113530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5641.96918298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05151668
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.22042
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210292
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.26489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2717
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6541.58286
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.279213290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10535244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5334.55008
LS精密化 シェル解像度: 2.601→2.669 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.434 395
Rwork0.375 7128
obs-7128
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 99 Å / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.213
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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