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- PDB-1nkq: Crystal structure of yeast ynq8, a fumarylacetoacetate hydrolase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nkq
タイトルCrystal structure of yeast ynq8, a fumarylacetoacetate hydrolase family protein
要素Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / dimer / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyruvate metabolism / oxaloacetate tautomerase / oxaloacetate tautomerase activity / acetylpyruvate hydrolase activity / oxaloacetate metabolic process / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Oxaloacetate tautomerase FMP41, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Eswaramoorthy, S. / Kumaran, D. / Daniels, B. / Studier, F.W. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crtystal Structure of Yeast Hypothetical Protein YNQ8_YEAST
著者: Eswaramoorthy, S. / Kumaran, D. / Daniels, B. / Studier, F.W. / Swaminathan, S.
履歴
登録2003年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: DIMER THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 ...BIOMOLECULE: DIMER THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAINS OR 3 DIMERS. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL DIMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
B: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
C: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
D: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
E: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
F: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,30231
ポリマ－174,6696
非ポリマー1,63425
水11,422634
1
A: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
B: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,02413
ポリマ－58,2232
非ポリマー80111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
D: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6399
ポリマ－58,2232
非ポリマー4167
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
3
E: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
F: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6399
ポリマ－58,2232
非ポリマー4167
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
4
A: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
B: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
ヘテロ分子

E: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
F: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
ヘテロ分子

C: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
D: Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,30231
ポリマ－174,6696
非ポリマー1,63425
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area16370 Å2
ΔGint-259 kcal/mol
Surface area52840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.705, 85.990, 316.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical 28.8 kDa protein in PSD1-SKO1 intergenic region


分子量: 29111.441 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YNL168C or N1696 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53889
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.28 %
解説: High resolution data were collected with X25 of NSLS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5
詳細: PEG 4000, CaCl2, Ammonium Sulfate, pH 4.5, EVAPORATION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 78576 / Num. obs: 78576 / % possible obs: 73.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Num. unique all: 3257 / % possible all: 30.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MARMADデータ収集
DENZO2000データ削減
SCALEPACK2000データスケーリング
SnB位相決定
SHARP位相決定
CNS精密化
MARMADデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 2028 RANDOM
Rwork0.216 --
all-65711 -
obs-65711 -
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11365 0 41 682 12088
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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