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- PDB-1nkd: ATOMIC RESOLUTION (1.07 ANGSTROMS) STRUCTURE OF THE ROP MUTANT <2AA> -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nkd
タイトルATOMIC RESOLUTION (1.07 ANGSTROMS) STRUCTURE OF THE ROP MUTANT <2AA>
要素ROP
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / ROP (COLE1 REPRESSOR OF PRIMER) / ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE / 4-ALPHA-HELIX BUNDLE
機能・相同性Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Vlassi, M. / Kokkinidis, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Structural parameters for proteins derived from the atomic resolution (1.09 A) structure of a designed variant of the ColE1 ROP protein.
著者: Vlassi, M. / Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Kokkinidis, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Restored Heptad Pattern Continuity Does not Alter the Folding of a Four-Alpha-Helix Bundle
著者: Vlassi, M. / Steif, C. / Weber, P. / Tsernoglou, D. / Wilson, K.S. / Hinz, H.J. / Kokkinidis, M.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Correlation between Protein Stability and Crystal Properties of Designed Rop Variants
著者: Kokkinidis, M. / Vlassi, M. / Papanikolaou, Y. / Kotsifaki, D. / Kingswell, A. / Tsernoglou, D. / Hinz, H.J.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Structure of the Cole1 Rop Protein at 1.7 A Resolution
著者: Banner, D.W. / Kokkinidis, M. / Tsernoglou, D.
履歴
登録1997年9月23日処理サイト: BNL
改定 1.01999年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3791
ポリマ－7,3791
非ポリマー00
水2,054114
1
A: ROP

A: ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7582
ポリマ－14,7582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2760 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area6310 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.060, 37.880, 31.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-138-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ROP / COLE1 REPRESSOR OF PRIMER


分子量: 7379.194 Da / 分子数: 1 / 変異: INS(A-D31-A) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03051
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.4 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium acetate1drop
30.8 Mammonium sulfate1drop
41.6 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→23.13 Å / Num. obs: 22361 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.09→1.19 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / % possible all: 97.5
反射
*PLUS
Biso Wilson estimate: 9.7 Å2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-93モデル構築
SHELXL-93精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-93位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.09→8 Å / Num. parameters: 5660 / Num. restraintsaints: 5406 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER, 1991.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.134 4397 20 %0.2
all0.101 21972 --
obs0.104 -98.2 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 10 / Occupancy sum hydrogen: 1 / Occupancy sum non hydrogen: 1
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数468 0 0 114 582
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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