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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1njc | ||||||
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タイトル | THYMIDYLATE SYNTHASE, MUTATION, N229D WITH 2'-DEOXYCYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE (DCMP) | ||||||
![]() | THYMIDYLATE SYNTHASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE (METHYLTRANSFERASE) / TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / NUCLEOTIDE BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Partitioning roles of side chains in affinity, orientation, and catalysis with structures for mutant complexes: asparagine-229 in thymidylate synthase. 著者: Finer-Moore, J.S. / Liu, L. / Schafmeister, C.E. / Birdsall, D.L. / Mau, T. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #1: ![]() タイトル: Stereochemistry of a Multistep/Bipartite Methyl Transfer Reaction: Thymidylate Synthase 著者: Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S. #2: ![]() タイトル: Refined Structures of Substrate-Bound and Phosphate-Bound Thymidylate Synthase from Lactobacillus Casei 著者: Finer-Moore, J. / Fauman, E.B. / Foster, P.G. / Perry, K.M. / Santi, D.V. / Stroud, R.M. #3: ![]() タイトル: Exclusion of 2'-Deoxycytidine 5'-Monophosphate by Asparagine 229 of Thymidylate Synthase 著者: Liu, L. / Santi, D.V. #4: ![]() タイトル: Mutation of Asparagine 229 to Aspartate in Thymidylate Synthase Converts the Enzyme to a Deoxycytidylate Methylase 著者: Liu, L. / Santi, D.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 60.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 444.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36631.438 Da / 分子数: 1 / 変異: N229D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: PURCHASED FROM SIGMA / 遺伝子: N229D MUTANT OF CLONED L. CASE / プラスミド: PKPTSD 遺伝子 (発現宿主): N229D MUTANT OF CLONED L. CASEI TS 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): STRAIN CHI-2913 (WHICH LACKS A THYMIDYLATE SYNTHASE GENE) 参照: UniProt: P00469, thymidylate synthase |
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#2: 化合物 | ChemComp-DCM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年4月5日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14050 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.104 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 41508 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 1 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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