PDB-1nix: THREE DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF HAINANTOXIN-I BY 2D 1H-NMR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1nix

タイトル

THREE DIMENSIONAL SOLUTION STRUCTURE OF HAINANTOXIN-I BY 2D 1H-NMR

要素

HAINANTOXIN-I

キーワード

TOXIN / INHIBITOR CYSTINE KNOT MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

: / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Ornithoctonus hainana (クモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Li, D. / Liang, S.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2003
タイトル: Function and solution structure of hainantoxin-I, a novel insect sodium channel inhibitor from the Chinese bird spider Selenocosmia hainana.
著者: Li, D. / Xiao, Y. / Hu, W. / Xie, J. / Bosmans, F. / Tytgat, J. / Liang, S.

履歴

登録	2002年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1nix.cif.gz	194.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1nix.ent.gz	161 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1nix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/1nix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ni/1nix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mqf-d 1zfo-d 2n1s-d 1qjk-d 5t4r-d 6f61-d 5m2h-d 2m50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HAINANTOXIN-I

3.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	HAINANTOXIN-I 分子量: 3618.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ornithoctonus hainana (クモ) / Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P83591, UniProt: D2Y1X6*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細	内容: 4.5 MM HAINANTOXIN-I MMOL/L DEUTERIUM ACETIC ACID BU 90%H2O , 10%D2O
試料状態	イオン強度: 20 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 288.00 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.851	BRUNGER	精密化
Felix	98		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 373 NOE-DERIVED DISTANCE CONSTRAINTS, 10 DIHEDRAL ANGEL RESTRAINTS, 9 FAKE DISTANCE RESTRAINTS FROM DISULFIDE BONDS AND 10 HYDROGEN-BOND CONSTRAINTS.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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