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万見
- PDB-1ni7: NORTHEAST STRUCTURAL GENOMIC CONSORTIUM TARGET ER75 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ni7
タイトルNORTHEAST STRUCTURAL GENOMIC CONSORTIUM TARGET ER75
要素Hypothetical protein ygdK
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / Unknown function / ER75 / RD-NMR / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / sulfur carrier activity
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase, sulphur acceptor subunit CsdE / Fe-S metabolism associated domain, SufE-like / Fe-S metabolism associated domain / Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfur acceptor protein CsdE / Sulfur acceptor protein CsdE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / distance geometry simulated annealing torsion angle dynamics
データ登録者Liu, G. / Chiang, Y. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: High-quality homology models derived from NMR and X-ray structures of E. coli proteins YgdK and Suf E suggest that all members of the YgdK/Suf E protein family are enhancers of cysteine desulfurases.
著者: Liu, G. / Li, Z. / Chiang, Y. / Acton, T. / Montelione, G.T. / Murray, D. / Szyperski, T.
履歴
登録2002年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein ygdK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0271
ポリマ－17,0271
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein ygdK / ER75


分子量: 17027.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: YGDK / プラスミド: pET21-ER75-21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q46926, UniProt: P0AGF2*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNCA-J
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D RD HNNCAHA
1713D RD HACAcoNHN
1813D RD HABCABcoNH
1913D RD (H)CCH-COSY
11012D RD HBCB(cghg)HD
11112D RD H-TOC-HCH-COSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined with the help of Reduced-dimensional NMR techniques (RD-NMR)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM er75 (U-15N,13C), 20mM MES, 100mM NaCL, 5mM GaCl2,10mM DTT, 0.02% azide, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
21mM er75 (U-15N), 20mM MES, 100mM NaCL, 5mM GaCl2,10mM DTT, 0.02% azide, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1A.BAX解析
DYANA1.5P. Guntert構造決定
XEASY1.3Tai-he Xia and Christian Bartelsデータ解析
DYANA1.5P. Guntert精密化
精密化手法: distance geometry simulated annealing torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: This structure was determined with the help of Reduced-dimensional NMR techniques (RD-NMR).The residue ranges of well defined regions of the structure are :16-27,31-45,51-58,63-72,74-120,134- ...詳細: This structure was determined with the help of Reduced-dimensional NMR techniques (RD-NMR).The residue ranges of well defined regions of the structure are :16-27,31-45,51-58,63-72,74-120,134-148; The backbone mean rmsd for well-defined regions is 0.48+-0.07A, and all heavy atom mean rmsd for well-defined regions is 0.87+-0.07A.
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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