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万見
- PDB-1nh1: Crystal Structure of the Type III Effector AvrB from Pseudomonas ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nh1
タイトルCrystal Structure of the Type III Effector AvrB from Pseudomonas syringae.
要素Avirulence B protein
キーワードAvirulence Protein / HELIX BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fic-like fold - #20 / Avirulence B/C / Avirulence B/C superfamily / : / Avirulence protein / Fic-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Avirulence protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee, C.C. / Wood, M.D. / Ng, K. / Luginbuhl, P. / Spraggon, G. / Katagiri, F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of the Type III Effector AvrB from Pseudomonas syringae.
著者: Lee, C.C. / Wood, M.D. / Ng, K. / Luginbuhl, P. / Spraggon, G. / Katagiri, F.
履歴
登録2002年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Avirulence B protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0971
ポリマ－37,0971
非ポリマー00
水2,720151
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.028, 125.028, 63.246
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Avirulence B protein


分子量: 37097.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
遺伝子: AVRB / プラスミド: pET-27b(+) / 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13835
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.01 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mMTris1droppH7.9
250 mM1dropNaCl
30.25 mMTCEP1drop
49.5 mg/mlprotein1drop
540 %PEG6001reservoir
6100 mMCHES1reservoirpH9.5-10.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID
回転陽極RIGAKU1
シンクロトロンALS 5.0.22
検出器
タイプID検出器
RIGAKU1IMAGE PLATE
MARRESEARCH2IMAGE PLATE
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 29594 / Num. obs: 27892 / % possible obs: 94.2 %
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % possible obs: 93.4 % / Rmerge(I) obs: 0.066
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.6 % / Rmerge(I) obs: 0.493

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解析

ソフトウェア名称: CNS / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 1419 -
Rwork0.222 --
all-29594 -
obs-27892 94.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2249 0 0 151 2400
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / Rfactor Rfree: 0.275
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.0104
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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