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- PDB-1ngm: Crystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ngm
タイトルCrystal structure of a yeast Brf1-TBP-DNA ternary complex
要素
  • 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
  • Transcription factor IIIB BRF1 subunit
  • Transcription initiation factor TFIID
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION / TFIIIB / TBP / BRF / BRF1 / TAF / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase III core binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity ...RNA polymerase III core binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Brf1, TBP-binding domain / Brf1-like TBP-binding domain / TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. ...Single helix bin / Brf1, TBP-binding domain / Brf1-like TBP-binding domain / TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / TBP domain superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein / Transcription factor IIIB 70 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Juo, Z.S. / Kassavetis, G.A. / Wang, J. / Geiduschek, E.P. / Sigler, P.B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a transcription factor IIIB core interface ternary complex
著者: Juo, Z.S. / Kassavetis, G.A. / Wang, J. / Geiduschek, E.P. / Sigler, P.B.
履歴
登録2002年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
G: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
K: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
L: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
O: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
P: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
A: Transcription initiation factor TFIID
B: Transcription factor IIIB BRF1 subunit
E: Transcription initiation factor TFIID
F: Transcription factor IIIB BRF1 subunit
I: Transcription initiation factor TFIID
J: Transcription factor IIIB BRF1 subunit
M: Transcription initiation factor TFIID
N: Transcription factor IIIB BRF1 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,40216
ポリマ－160,40216
非ポリマー00
水00
1
C: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
D: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
A: Transcription initiation factor TFIID
B: Transcription factor IIIB BRF1 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1014
ポリマ－40,1014
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
H: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
E: Transcription initiation factor TFIID
F: Transcription factor IIIB BRF1 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1014
ポリマ－40,1014
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
L: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
I: Transcription initiation factor TFIID
J: Transcription factor IIIB BRF1 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1014
ポリマ－40,1014
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
O: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'
P: 5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'
M: Transcription initiation factor TFIID
N: Transcription factor IIIB BRF1 subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1014
ポリマ－40,1014
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.610, 152.600, 256.638
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3'


分子量: 5816.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: yeast U6 promoter TATA element
#2: DNA鎖
5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量: 5825.834 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: yeast U6 promoter TATA element
#3: タンパク質
Transcription initiation factor TFIID / TATA-box factor / TATA sequence-binding protein / TBP / Transcription factor D


分子量: 20120.754 Da / 分子数: 4 / Fragment: C-terminal core domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13393
#4: タンパク質
Transcription factor IIIB BRF1 subunit / BRF / TFIIB-related factor


分子量: 8337.169 Da / 分子数: 4 / Fragment: Homology domain II / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29056

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 6.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MES, NaCl, BME, glycerol, MgCl2, PEG2000MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2NaCl11
3BME11
4glycerol11
5MgCl211
6PEG2000MME11
8NaCl12
11MgCl212
結晶化
*PLUS
温度: 4. ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mM1reservoirpH6.5
2100 mM1reservoiror LiClNaCl
310 mM1reservoirMgCl2
42 mM2-mercaptoethanol1reservoir
525 %(v/v)glycerol1reservoir
610 %(v/v)PEG2000 MME1reservoir
81
111

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.100, 0.919425, 0.918969
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
20.9194251
30.9189691
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. all: 78423 / Num. obs: 74659 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 62.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / % possible all: 87
反射
*PLUS
Num. obs: 74859 / % possible obs: 95.5 % / Num. measured all: 269787

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.95→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Authors used CNS prior to the final refinement with REFMAC
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.308 3756 RANDOM
Rwork0.276 --
all0.278 70826 -
obs0.278 70826 -
原子変位パラメータBiso mean: 29.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.39 Å20 Å20 Å2
2---6.01 Å20 Å2
3----6.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7708 3092 0 0 10800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.441
精密化
*PLUS
最低解像度: 48.5 Å / Num. reflection obs: 74582 / Rfactor Rwork: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.441

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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