ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | AMoRE | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 303293.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.189 | 3918 | 10.1 % | RANDOM |
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Rwork | 0.162 | - | - | - |
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all | 0.162 | - | - | - |
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obs | 0.162 | 38884 | 96.3 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.3161 Å2 / ksol: 0.359412 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.3 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 4.68 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 4.68 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -9.37 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.27 Å | 0.22 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.34 Å | 0.28 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.91 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 7120 | 0 | 260 | 238 | 7618 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.007 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.4 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.99 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.91 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.91 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it3.12 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it4.32 | 2.5 | | | | | | | | |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.281 | 657 | 10.6 % |
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Rwork | 0.237 | 5534 | - |
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obs | - | - | 92.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.ADD.PARAMPROTEIN.ADD.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | AST.PARAMAST.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | | | |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.187 / Rfactor Rwork: 0.16 |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.0067 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.36 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.99 | | | | | | |
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