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- PDB-1nf2: X-ray crystal structure of TM0651 from Thermotoga maritima -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nf2
タイトルX-ray crystal structure of TM0651 from Thermotoga maritima
要素phosphatase
キーワードStructural genomics/Unknown function / Thermotoga maritima / Structural proteomics / phosphatase / HAD family / New fold / Structural genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center / Structural genomics-Unknown function COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold ...Hypothetical cof family signature 1. / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shin, D.H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a phosphatase with a unique substrate binding domain from Thermotoga maritima
著者: Shin, D.H. / Roberts, A. / Jancarik, J. / Yokota, H. / Kim, R. / Wemmer, D.E. / Kim, S.H.
履歴
登録2002年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phosphatase
B: phosphatase
C: phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,33212
ポリマ－93,6833
非ポリマー6499
水8,899494
1
A: phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4444
ポリマ－31,2281
非ポリマー2163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4444
ポリマ－31,2281
非ポリマー2163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4444
ポリマ－31,2281
非ポリマー2163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
C: phosphatase
ヘテロ分子

C: phosphatase
ヘテロ分子

A: phosphatase
B: phosphatase
ヘテロ分子

A: phosphatase
B: phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,66524
ポリマ－187,3666
非ポリマー1,29918
水1086
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area11300 Å2
ΔGint-278 kcal/mol
Surface area69310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.410, 93.880, 98.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 phosphatase


分子量: 31227.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZB9
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: AMS, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
1108 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1droppH6.8
3220 mM1dropNaCl
45 mMdithiothreitol1drop
51.0 Mammonium sulfate1drop
60.1 Mcitric acid1droppH5.5
71.0 Mammonium sulfate1reservoir
80.1 Mcitric acid1reservoirpH5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月23日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→83.3 Å / Num. obs: 57785 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 2866 / Rsym value: 0.353 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Num. unique obs: 2866 / Rmerge(I) obs: 0.353

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 185871.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 5709 10.2 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all0.2216 57785 --
obs0.217 56114 97.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.9322 Å2 / ksol: 0.35902 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20 Å23.41 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6558 0 33 494 7085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 886 9.9 %
Rwork0.282 8086 -
obs--94.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTIONA1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTIONA2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTIONA3ION.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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