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万見
- PDB-1ner: SOLUTION STRUCTURE OF THE MU NER PROTEIN BY MULTIDIMENSIONAL NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ner
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE MU NER PROTEIN BY MULTIDIMENSIONAL NMR
要素DNA-BINDING PROTEIN NER
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription repressor complex / host cell cytoplasm / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Ner, winged helix-turn-helix DNA-binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Negative regulator of transcription
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Strzelecka, T.E. / Gronenborn, A.M.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: The solution structure of the Mu Ner protein reveals a helix-turn-helix DNA recognition motif.
著者: Strzelecka, T.E. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Determination of the Secondary Structure of the DNA Binding Protein Ner from Phage Mu Using 1H Homonuclear and 15N-1H Heteronuclear NMR Spectroscopy
著者: Gronenborn, A.M. / Wingfield, P.T. / Clore, G.M.
履歴
登録1995年8月24日処理サイト: BNL
改定 1.01995年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-BINDING PROTEIN NER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3891
ポリマ－8,3891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 DNA-BINDING PROTEIN NER


分子量: 8388.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage Mu (ファージ) / 属: Mu-like viruses / 参照: UniProt: P06020

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE 3D STRUCTURE OF THE MU NER PROTEIN BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR IS BASED ON 1546 EXPERIMENTAL RESTRAINTS COMPRISING THE FOLLOWING: 944 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS [251 ...詳細: THE 3D STRUCTURE OF THE MU NER PROTEIN BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR IS BASED ON 1546 EXPERIMENTAL RESTRAINTS COMPRISING THE FOLLOWING: 944 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS [251 SEQUENTIAL; 202 SHORT RANGE (1<|I-J|<=5; 157 LONG RANGE (|I-J|>5); AND 334 INTRARESIDUE]; 40 DISTANCE RESTRAINTS FOR 20 BACKBONE HYDROGEN BONDS; 89 TORSION ANGLE RESTRAINTS 56 PHI, 27 CH1 AND 6 CHI2); 46 3 BOND HN-HA COUPLING CONSTANTS; 140 SECONDARY 13C SHIFTS (72 CA AND 68 CB); 287 1H CHEMICAL SHIFTS (74 HA, 39 METHYL AND 174 OTHER, WITH NO EXCHANGEABLE PROTON SHIFTS). THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY SIMULATED ANNEALING [NILGES, CLORE AND GRONENBORN (1988) FEBS LETT. 229, 317 - 324] USING THE PROGRAM X-PLOR (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT [GARRETT ET AL. AND CLORE (1994) J. MAGN. RESON. B104, 99 - 103], CARBON CHEMICAL SHIFT [KUSZEWSKI, QIN, GRONENBORN AND CLORE (1995) J. MAGN. RESON. B106, 92 - 96] AND PROTON CHEMICAL SHIFT [KUSZEWSKI, GRONENBORN AND CLORE (1995) J. MAGN. RESON. B107, 293 - 297] RESTRAINTS. ENTRY 1NEQ IS THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE OBTAINED BY AVERAGING THE COORDINATES OF THE 30 SIMULATED ANNEALING STRUCTURES BEST FITTED TO EACH OTHER (RESIDUES 8 - 66). THE N- AND C-TERMINI ARE DISORDERED, AND THE NUMBER IN THE LAST COLUMN (THE B- FACTOR COLUMN) GIVES THE AVERAGE RMS TO THE MEAN COORDINATE POSITIONS.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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