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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ndy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Adenosine Deaminase Complexed with FR230513 | ||||||
![]() | Adenosine Deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / SBDD / TIM-barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen / inosine biosynthetic process / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / hypoxanthine salvage / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process ...negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle lumen / inosine biosynthetic process / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / hypoxanthine salvage / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / anchoring junction / T cell activation / lysosome / cell adhesion / external side of plasma membrane / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kinoshita, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A highly potent non-nucleoside adenosine deaminase inhibitor: efficient drug discovery by intentional lead hybridization 著者: Terasaka, T. / Kinoshita, T. / Kuno, M. / Nakanishi, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40341.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-FR3 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Ammonium phosphate, PEG400, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Kinoshita, T., (1999) Acta Crystallogr.,Sect., D55, 2031. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月30日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.836 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 27339 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.208 / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア | 名称: CNX / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.218 | ||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.208 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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