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- PDB-1nda: THE STRUCTURE OF TRYPANOSOMA CRUZI TRYPANOTHIONE REDUCTASE IN THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nda
タイトルTHE STRUCTURE OF TRYPANOSOMA CRUZI TRYPANOTHIONE REDUCTASE IN THE OXIDIZED AND NADPH REDUCED STATE
要素TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trypanothione reductase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain ...Trypanothione reductase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Trypanothione reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lantwin, C.B. / Kabsch, W. / Pai, E.F. / Schlichting, I. / Krauth-Siegel, R.L.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1994
タイトル: The structure of Trypanosoma cruzi trypanothione reductase in the oxidized and NADPH reduced state.
著者: Lantwin, C.B. / Schlichting, I. / Kabsch, W. / Pai, E.F. / Krauth-Siegel, R.L.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Trypanothione Reductase from Trypanosoma Cruzi, the Causative Agent of Chagas' Disease
著者: Krauth-Siegel, R.L. / Sticherling, C. / Jost, I. / Walsh, C.T. / Pai, E.F. / Kabsch, W. / Lantwin, C.B.
履歴
登録1993年7月2日処理サイト: BNL
改定 1.01994年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
B: TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
C: TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
D: TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,3328
ポリマ－215,1904
非ポリマー3,1424
水00
1
A: TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
B: TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1664
ポリマ－107,5952
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area33780 Å2
手法PISA
2
C: TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
D: TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1664
ポリマ－107,5952
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9400 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area33800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.300, 91.100, 126.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: PRO A 42 - PRO A 43 OMEGA = 35.35 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: ASN A 352 - PRO A 353 OMEGA = 144.94 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO A 369 / 4: CIS PROLINE - PRO A 461
5: PRO B 42 - PRO B 43 OMEGA = 35.38 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
6: ASN B 352 - PRO B 353 OMEGA = 144.93 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
7: CIS PROLINE - PRO B 369 / 8: CIS PROLINE - PRO B 461
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.11639, -0.0086, -0.9932), (-0.01475, 0.99983, -0.0104), (0.99309, 0.0158, 0.1163)
ベクター: 124.49, -24.23, -5.88)
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS FOUR MONOMERS. TWO MONOMERS ARE PRESENTED IN THIS ENTRY WITH CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE OTHER TWO MONOMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: タンパク質
TRYPANOTHIONE OXIDOREDUCTASE


分子量: 53797.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P28593
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.07 %
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.2 Msodium citrate11
220 mMTris-HCl11
31 mMEDTA11
42 %octanoyl-N-methylglucamide11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 3.3 Å / Num. all: 46716 / Num. obs: 41811 / % possible obs: 89.5 % / Num. measured all: 88764 / Rmerge(I) obs: 0.127

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.206 / Rfactor obs: 0.206 / 最高解像度: 3.3 Å / σ(F): 1
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14804 0 212 0 15016
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.206
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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