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- PDB-1nci: STRUCTURAL BASIS OF CELL-CELL ADHESION BY CADHERINS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nci
タイトルSTRUCTURAL BASIS OF CELL-CELL ADHESION BY CADHERINS
要素N-CADHERIN
キーワードCELL ADHESION PROTEIN / CADHERIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mesenchymal cell migration / regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / radial glial cell differentiation / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Adherens junctions interactions / gamma-catenin binding ...mesenchymal cell migration / regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / radial glial cell differentiation / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / regulation of postsynaptic density protein 95 clustering / positive regulation of synaptic vesicle clustering / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / Adherens junctions interactions / gamma-catenin binding / synaptic vesicle clustering / neural crest cell development / telencephalon development / desmosome / glial cell differentiation / neuroepithelial cell differentiation / type B pancreatic cell development / cell-cell adhesion mediated by cadherin / neuronal stem cell population maintenance / alpha-catenin binding / fascia adherens / apicolateral plasma membrane / calcium-dependent cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / Myogenesis / regulation of Rho protein signal transduction / catenin complex / brain morphogenesis / cell-cell junction assembly / adherens junction organization / blood vessel morphogenesis / postsynaptic specialization membrane / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of myelination / regulation of axonogenesis / cortical actin cytoskeleton / nitric-oxide synthase binding / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / plasma membrane raft / intercalated disc / homeostasis of number of cells / presynaptic active zone membrane / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / striated muscle cell differentiation / synapse assembly / T-tubule / protein tyrosine kinase binding / protein localization to plasma membrane / adherens junction / modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / sarcolemma / cerebral cortex development / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / cell-cell junction / cell migration / apical part of cell / lamellipodium / regulation of protein localization / basolateral plasma membrane / protein phosphatase binding / positive regulation of MAPK cascade / postsynaptic density / cell adhesion / neuron projection / cadherin binding / apical plasma membrane / glutamatergic synapse / calcium ion binding / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / enzyme binding / cell surface / protein-containing complex / RNA binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. ...Cadherin prodomain like / Cadherin prodomain / Cadherin prodomain like / Cadherin, Y-type LIR-motif / Cadherin, Y-type LIR-motif / Catenin binding domain superfamily / Cadherins / Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URANYL (VI) ION / Cadherin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Shapiro, L. / Fannon, A.M. / Kwong, P.D. / Thompson, A. / Lehmann, M.S. / Grubel, G. / Legrand, J.-F. / Als-Nielsen, J. / Colman, D.R. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Structural basis of cell-cell adhesion by cadherins.
著者: Shapiro, L. / Fannon, A.M. / Kwong, P.D. / Thompson, A. / Lehmann, M.S. / Grubel, G. / Legrand, J.F. / Als-Nielsen, J. / Colman, D.R. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録1995年3月23日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-CADHERIN
B: N-CADHERIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7603
ポリマ－24,4902
非ポリマー2701
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.200, 57.500, 52.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 16 / 2: CIS PROLINE - PRO A 18 / 3: CIS PROLINE - PRO A 47 / 4: CIS PROLINE - PRO B 16 / 5: CIS PROLINE - PRO B 18 / 6: CIS PROLINE - PRO B 47
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-440-

HOH

21A-463-

HOH

31B-244-

HOH

41B-251-

HOH

詳細THE ASYMMETRIC UNIT (MOLECULES A AND B) COMPRISE A CADHERIN STRAND DIMER. AN ADHESION DIMER IS FORMED, FOR EXAMPLE, BETWEEN MOLECULE A AND THE (X + 1/2, 3/2 - Y, -1 -Z) SYMMETRY MATE OF MOLECULE B. SYMMETRY THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY TRANSFORMATIONS PRESENTED BELOW GENERATE THE SUBUNITS OF THE POLYMERIC MOLECULE. APPLIED TO RESIDUES: B 1 .. 100 ADHESION DIMER MATE OF MOLECULE A IS A SYMMETRY-MATE OF MOLECULE B, AND CAN BE GENERATED BY THE FOLLOWING TRANSFORMATION: SYMMETRY1 1 1.000000 0.000000 0.000000 37.60000 SYMMETRY2 1 0.000000 1.500000 0.000000 86.25000 SYMMETRY3 1 0.000000 0.000000 1.000000 -52.50000

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要素

#1: タンパク質 N-CADHERIN


分子量: 12244.817 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15116
#2: 化合物 ChemComp-IUM / URANYL (VI) ION


分子量: 270.028 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2U
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細THE MODEL INCLUDES ONE URANYL ION (UO2 2+) BOUND AT THE PUTATIVE CALCIUM BINDING SITE.
配列の詳細RESIDUE NUMBERING IS FOR THE MATURE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
解説: 5 WAVELENGTH MAD EXPERIMENT; DATA COLLECTED NEAR URANIUM L(III) EDGE
結晶化
*PLUS
温度: 19.5 ℃ / pH: 4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
135 mg/mlprotein1drop
20.5-0.6 Maqueous sodium sulfate1reservoir
30.1 MNa acetate1reservoir
45 mMUO2 acetate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.7217 - 0.7263
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月1日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.72171
20.72631
反射Num. obs: 33075 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.038
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 15 Å / Rmerge(I) obs: 0.038

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→5 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 --
Rwork0.195 --
obs0.195 31010 96.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1557 0 3 315 1875
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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