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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1naw | ||||||
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タイトル | ENOLPYRUVYL TRANSFERASE | ||||||
要素 | UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN BIOSYNTHESIS / HINGE / DOMAIN MOVEMENT / SEQUENCE MOTIF / FOLDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacter cloacae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Schoenbrunn, E. / Sack, S. / Eschenburg, S. / Perrakis, A. / Krekel, F. / Amrhein, N. / Mandelkow, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyltransferase, the target of the antibiotic fosfomycin. 著者: Schonbrunn, E. / Sack, S. / Eschenburg, S. / Perrakis, A. / Krekel, F. / Amrhein, N. / Mandelkow, E. #1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1996 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Udp-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyltransferase of Enterobacter Cloacae 著者: Sack, S. / Dauter, Z. / Wanke, C. / Amrhein, N. / Mandelkow, E. / Schonbrunn, E. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1992 タイトル: The Udp-N-Acetylglucosamine 1-Carboxyvinyl-Transferase of Enterobacter Cloacae. Molecular Cloning, Sequencing of the Gene and Overexpression of the Enzyme 著者: Wanke, C. / Falchetto, R. / Amrhein, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1naw.cif.gz | 179.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1naw.ent.gz | 139.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1naw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1naw_validation.pdf.gz | 393 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1naw_full_validation.pdf.gz | 438.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1naw_validation.xml.gz | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1naw_validation.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1naw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/1naw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44828.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) プラスミド: PKK233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 105 (PHARMACIA LKB) 参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENOLPYRUVY | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PLASTIC TISSUE CULTURE PLATES. 0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4) CONTAINING 40 MM CYCLOHEXYLAMMONIUM ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PLASTIC TISSUE CULTURE PLATES. 0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4) CONTAINING 40 MM CYCLOHEXYLAMMONIUM PHOSPHATE WERE EQUILIBRATED AGAINST 1 ML 0.8 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4). CRYSTALLIZATION USUALLY OCCURRED WITHIN 3 DAYS AND THE CRYSTALS REACHED THEIR MAXIMUM SIZE OF 0.5 X 0.5 X 0.1 MM==3== AFTER 5 DAYS AT ROOM TEMPERATURE. (SEE REFERENCE 1 FOR DETAILS.), vapor diffusion - hanging drop Temp details: room temp | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.99 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月27日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 103189 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 98.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 744941 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.7 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→10 Å
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原子変位パラメータ | Biso mean: 23.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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