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- PDB-1naw: ENOLPYRUVYL TRANSFERASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1naw
タイトルENOLPYRUVYL TRANSFERASE
要素UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN BIOSYNTHESIS / HINGE / DOMAIN MOVEMENT / SEQUENCE MOTIF / FOLDING
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / : / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYCLOHEXYLAMMONIUM ION / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Schoenbrunn, E. / Sack, S. / Eschenburg, S. / Perrakis, A. / Krekel, F. / Amrhein, N. / Mandelkow, E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyltransferase, the target of the antibiotic fosfomycin.
著者: Schonbrunn, E. / Sack, S. / Eschenburg, S. / Perrakis, A. / Krekel, F. / Amrhein, N. / Mandelkow, E.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of Udp-N-Acetylglucosamine Enolpyruvyltransferase of Enterobacter Cloacae
著者: Sack, S. / Dauter, Z. / Wanke, C. / Amrhein, N. / Mandelkow, E. / Schonbrunn, E.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1992
タイトル: The Udp-N-Acetylglucosamine 1-Carboxyvinyl-Transferase of Enterobacter Cloacae. Molecular Cloning, Sequencing of the Gene and Overexpression of the Enzyme
著者: Wanke, C. / Falchetto, R. / Amrhein, N.
履歴
登録1996年7月23日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,8574
ポリマ－89,6572
非ポリマー2002
水8,611478
1
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,7148
ポリマ－179,3144
非ポリマー4014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
2
A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子

A: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE
ヘテロ分子

B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE

B: UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,7148
ポリマ－179,3144
非ポリマー4014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation3_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area10700 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area54990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.900, 155.900, 83.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-540-

HOH

21B-488-

HOH

31B-540-

HOH

41B-599-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 UDP-N-ACETYLGLUCOSAMINE 1-CARBOXYVINYL-TRANSFERASE


分子量: 44828.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア)
プラスミド: PKK233-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 105 (PHARMACIA LKB)
参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-HAI / CYCLOHEXYLAMMONIUM ION / シクロヘキシルアミニウム


分子量: 100.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14N
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENOLPYRUVYL TRANSFERASE IS A KEY ENZYME IN PEPTIDOGLYCAN BIOSYNTHESIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PLASTIC TISSUE CULTURE PLATES. 0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4) CONTAINING 40 MM CYCLOHEXYLAMMONIUM ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING DROP VAPOR DIFFUSION METHOD USING PLASTIC TISSUE CULTURE PLATES. 0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4) CONTAINING 40 MM CYCLOHEXYLAMMONIUM PHOSPHATE WERE EQUILIBRATED AGAINST 1 ML 0.8 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE BUFFER (PH 6.4). CRYSTALLIZATION USUALLY OCCURRED WITHIN 3 DAYS AND THE CRYSTALS REACHED THEIR MAXIMUM SIZE OF 0.5 X 0.5 X 0.1 MM==3== AFTER 5 DAYS AT ROOM TEMPERATURE. (SEE REFERENCE 1 FOR DETAILS.), vapor diffusion - hanging drop
Temp details: room temp
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.8 Msodium/potassium phosphate1drop
240 mMctclohexylammonium phosphate1drop
30.8 Msodium/potassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.99
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月27日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 103189 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 98.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 744941
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2→10 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 14800 10 %
Rwork0.197 --
obs-147378 99.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6284 0 14 478 6776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0520.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0540.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.1654
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.1485
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.2636
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.588
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.013
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1770.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2030.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2540.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1980.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.3933
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.4415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor28.0620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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