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- PDB-1nan: MCH CLASS I H-2KB MOLECULE COMPLEXED WITH PBM1 PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nan
タイトルMCH CLASS I H-2KB MOLECULE COMPLEXED WITH PBM1 PEPTIDE
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • pBM1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / class I MHC / H-2Kb / alloreactivity / crossreactivity
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of phosphorylation ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of phosphorylation / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BTBD10/KCTD20, BTB/POZ domain / BTBD10/KCTD20 / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...BTBD10/KCTD20, BTB/POZ domain / BTBD10/KCTD20 / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / BTB/POZ domain-containing protein KCTD20
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Reiser, J.-B. / Darnault, C. / Gregoire, C. / Mosser, T. / Mazza, G. / Kearnay, A. / van der Merwe, P.A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Housset, D. / Malissen, B.
引用
ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2003
タイトル: CDR3 loop flexibility contributes to the degeneracy of TCR recognition
著者: Reiser, J.-B. / Darnault, C. / Gregoire, C. / Mosser, T. / Mazza, G. / Kearnay, A. / van der Merwe, P.A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Housset, D. / Malissen, B.
#1: ジャーナル: Immunity / 年: 2002
タイトル: A T-Cell Receptor Cdr3Beta Loop Undergoes Conformational Changes of Unprecedented Magnitude Upon Binding to a Peptide/Mhc Class I Complex
著者: Reiser, J.-B. / Gregoire, C. / Darnault, C. / Mosser, T. / Guimezanes, A. / Schmitt-Verhulst, A.-M. / Fontecilla-Camps, J.C. / Mazza, G. / Malissen, B. / Housset, D.
履歴
登録2002年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
L: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
P: Beta-2-microglobulin
I: Beta-2-microglobulin
M: pBM1 peptide
Q: pBM1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5126
ポリマ－89,5126
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.981, 88.614, 89.174
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2KB


分子量: 32068.777 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular Domains (alpha1, alpha2, alpha3) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド pBM1 peptide / RIKEN cDNA 2410004N11


分子量: 983.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence is naturally found in mus muculus (mouse).
参照: GenBank: 13385376, UniProt: Q8CDD8*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG6000 16-17%, NaAc 0.2M, NaCl 0.3M, Mes 0.1M, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1drop
216-17 %PEG60001reservoir
30.1 MMES1reservoirpH6.8
40.2 M1reservoirNaAc
50.3 M1reservoirNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.94 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→61.26 Å / Num. all: 41983 / Num. obs: 41983 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 44.8 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5761 / Rsym value: 0.272 / % possible all: 97.3
反射
*PLUS
最低解像度: 61.3 Å / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / Rmerge(I) obs: 0.27

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KJ3

1kj3


解像度: 2.3→12 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.279 2792 RANDOM
Rwork0.224 --
all0.229 37223 -
obs0.229 37223 -
原子変位パラメータBiso mean: 42.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.61 Å20 Å2-1.2 Å2
2--3.93 Å20 Å2
3----3.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6306 0 0 156 6462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.2931.937
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.388 280
Rwork0.313 -
obs-2792
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.278
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.291.937

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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