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- PDB-1nae: Structure of CsCBM6-3 from Clostridium stercorarium in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1nae
タイトルStructure of CsCBM6-3 from Clostridium stercorarium in complex with xylotriose
要素putative xylanase
キーワードHYDROLASE / carbohydrate-binding module / beta-sandwich / xylan / xylooligosaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 ...Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylotriose / : / Endo-1,4-beta-xylanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium stercorarium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Boraston, A.B. / Notenboom, V. / Warren, R.A.J. / Kilburn, D.G. / Rose, D.R. / Davies, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure and ligand binding of carbohydrate-binding module CsCBM6-3 reveals similarities with fucose-specific lectins and "galactose-binding" domains
著者: Boraston, A.B. / Notenboom, V. / Warren, R.A.J. / Kilburn, D.G. / Rose, D.R. / Davies, G.
履歴
登録2002年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8603
ポリマ－17,4061
非ポリマー4542
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.648, 49.746, 36.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 putative xylanase


分子量: 17405.947 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal carbohydrate-binding module / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium stercorarium (バクテリア)
遺伝子: putative xylanase / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: GenBank: 16076818, UniProt: Q8GJ44*PLUS
#2: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 414.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylotriose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a212h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 26%PEG 4K, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
117 mg/mlprotein1drop
226 %(w/v)PEG40001reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoirpH4.6
40.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年7月12日 / 詳細: long mirror focused
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→36.04 Å / Num. all: 6680 / Num. obs: 6382 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 20.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 649 / Rsym value: 0.186
反射
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 40 Å / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 2.36 Å / % possible obs: 72.1 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Mean I/σ(I) obs: 6.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1gmm

1gmm


解像度: 2.05→36.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.63 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.194
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19487 279 4.8 %RANDOM
Rwork0.1345 ---
all0.13748 ---
obs0.13748 5544 87.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å2-0.1 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→36.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数952 0 29 181 1162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0211001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5281.9661367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.155128
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7711.5631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35321015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2763370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1324.5352
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.295 28
Rwork0.167 416
obs-648
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor Rfree: 0.203 / Rfactor Rwork: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.58
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 2.36 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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