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- PDB-1na0: Design of Stable alpha-Helical Arrays from an Idealized TPR Motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1na0
タイトルDesign of Stable alpha-Helical Arrays from an Idealized TPR Motif
要素designed protein CTPR3
キーワードDE NOVO PROTEIN / design / TPR
機能・相同性Tetratricopeptide repeat domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / ACETATE ION / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / LEAD (II) ION
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Main, E. / Xiong, Y. / Cocco, M. / D'Andrea, L. / Regan, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Design of Stable alpha-Helical Arrays from an Idealized TPR Motif
著者: Main, E. / Xiong, Y. / Cocco, M. / D'Andrea, L. / Regan, L.
履歴
登録2002年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: designed protein CTPR3
B: designed protein CTPR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,41614
ポリマ－28,7382
非ポリマー1,67712
水2,828157
1
A: designed protein CTPR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7843
ポリマ－14,3691
非ポリマー4142
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: designed protein CTPR3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,63211
ポリマ－14,3691
非ポリマー1,26310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.734, 46.560, 52.517
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.11, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-381-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 designed protein CTPR3


分子量: 14369.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: 糖 ChemComp-IPT / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactopyranoside / ISOPROPYL-1-BETA-D-THIOGALACTOSIDE / 1-(ISOPROPYLTHIO)-BETA-GALACTOPYRANSIDE / 1-methylethyl 1-thio-beta-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-D-galactoside / 1-methylethyl 1-thio-galactoside / IPTG


タイプ: D-saccharide / 分子量: 238.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18O5S
識別子タイププログラム
isopropyl-1-b-D-thiogalactosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 167分子

#2: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris, PEG 4000, MgCl2, IPTG, NaCl, pH 8., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.5
350 mM1dropNaCl
4100 mMTris1reservoirpH8.
535 %PEG40001reservoir
60.2 M1reservoirMgCl2
710 %IPTG1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→33.9 Å / Num. all: 29432 / Num. obs: 22432 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 29.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.82 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
最低解像度: 33.9 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→33.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.959 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21598 2953 9.1 %RANDOM
Rwork0.18271 ---
obs0.1858 29432 100 %-
all-29432 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.652 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.7 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3---2.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1966 0 43 157 2166
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.9512787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91533728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4465236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2260
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02404
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.21712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2410.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8411.51183
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49621842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.083868
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7744.5945
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.686 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 434
Rwork0.283 4219
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.38682.1609-0.89524.41190.3482.1254-0.1634-0.0398-0.1624-0.08750.0826-0.29290.05240.05740.08080.11980.0422-0.00310.1198-0.03050.037936.457-10.811.694
26.31240.6282-1.44792.9555-0.66331.7128-0.1045-0.02670.40380.09350.1571-0.195-0.08070.1124-0.05250.109-0.0029-0.00980.1186-0.02820.033230.410.02714.445
37.583-0.16651.18632.3172-2.03774.5512-0.26390.21360.8767-0.06190.1416-0.0994-0.20760.08690.12230.1279-0.004-0.03080.10960.01440.129620.1687.81412.847
410.33211.302-0.09394.65342.390716.3332-0.1419-0.27690.9477-0.02920.00580.2511-0.5267-0.36580.13610.11370.0383-0.0430.13750.03090.156410.5867.82713.55
59.69060.56651.54064.5233-0.16192.0049-0.0874-0.0457-0.1771-0.1167-0.06750.4306-0.0467-0.03790.15490.12270.05060.01020.1131-0.0040.11445.68524.43411.91
65.67970.56131.58994.92531.31861.5975-0.06580.0336-0.27380.07080.02960.58810.14320.0110.03620.11250.01920.0350.12640.04210.128351.73213.59714.964
79.2613-0.47851.62363.73751.04164.76140.07790.8189-0.6501-0.22770.04860.32250.20530.0612-0.12650.13730.0202-0.00140.1953-0.01230.109761.8465.92413.169
813.3228-2.44344.64696.8677-5.186517.36490.10550.621-0.1278-0.1332-0.06520.00990.24450.1219-0.04030.10020.02780.02740.165-0.02240.025871.546.01613.732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 407 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2AA41 - 7441 - 74
3X-RAY DIFFRACTION3AA75 - 10875 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4AA109 - 125109 - 125
5X-RAY DIFFRACTION5BB7 - 407 - 40
6X-RAY DIFFRACTION6BB41 - 7441 - 74
7X-RAY DIFFRACTION7BB75 - 10875 - 108
8X-RAY DIFFRACTION8BB109 - 125109 - 125
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.215 / Rfactor Rwork: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.6
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / 最低解像度: 1.69 Å / Rfactor Rfree: 0.33 / Rfactor Rwork: 0.28

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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