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万見
- PDB-1n9e: Crystal structure of Pichia pastoris Lysyl Oxidase PPLO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n9e
タイトルCrystal structure of Pichia pastoris Lysyl Oxidase PPLO
要素LYSYL OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / AMINE OXIDASE / QUINOPROTEIN / TOPAQUINONE ENZYME / TPQ
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-NH2に対し酸化酵素として働く; 酸素を用いる / diamine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1965 / Domain of unknown function (DUF1965) / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily ...Domain of unknown function DUF1965 / Domain of unknown function (DUF1965) / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / : / Amine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pichia pastoris (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Guss, J.M. / Duff, A.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of Pichia pastoris Lysyl Oxidase
著者: Duff, A.P. / Cohen, A.E. / Ellis, P.J. / Kuchar, J.A. / Langley, D.B. / Shepard, E.M. / Dooley, D.M. / Freeman, H.C. / Guss, J.M.
履歴
登録2002年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Derived calculations
改定 1.42018年2月7日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSYL OXIDASE
B: LYSYL OXIDASE
C: LYSYL OXIDASE
D: LYSYL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)367,70464
ポリマ－359,2034
非ポリマー8,50260
水71,7183981
1
A: LYSYL OXIDASE
B: LYSYL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,85232
ポリマ－179,6012
非ポリマー4,25130
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24140 Å2
ΔGint-308 kcal/mol
Surface area49490 Å2
手法PISA
2
C: LYSYL OXIDASE
D: LYSYL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,85232
ポリマ－179,6012
非ポリマー4,25130
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24050 Å2
ΔGint-309 kcal/mol
Surface area49630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)248.442, 121.125, 151.841
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
LYSYL OXIDASE


分子量: 89800.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pichia pastoris (菌類)
参照: GenBank: 13936870, UniProt: Q96X16*PLUS, protein-lysine 6-oxidase

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糖 , 2種, 20分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 4021分子

#4: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 4000, 0.175M ammonium sulfate, 15% MPD, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lee, M., (2002) Acta Cryst., D58, 2177.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
225 %PEG40001reservoir
3175 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.99184
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→24.6 Å / Num. obs: 419014 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 24.6 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.68 Å / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 2.6 % / Num. unique obs: 28231 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OAC

1oac


解像度: 1.65→24.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / SU B: 1.493 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT, EXCEPT FINAL ROUND / ESU R: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: THE STRUCTURE WAS ALSO REFINED WITH CNS VER.1.1 SO4 811, 821, 831 AND 841 ARE MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY. ELECTRON DENSITY FOR THESE IONS STRONGLY SUGGESTS THEIR PRESENCE, HOWEVER, THE ...詳細: THE STRUCTURE WAS ALSO REFINED WITH CNS VER.1.1 SO4 811, 821, 831 AND 841 ARE MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY. ELECTRON DENSITY FOR THESE IONS STRONGLY SUGGESTS THEIR PRESENCE, HOWEVER, THE MODELLED POSITIONS ARE NOT STABLE IN POSITIONAL REFINEMENT, AND RESULTING REFINED POSITIONS HAVE UNACCEPTABLE VAN DER WAALS VIOLATIONS WITH NEIGHBOURING PROTEIN ATOMS. FREE_R WAS MONITORED IN ALL ROUNDS OF REFINEMENT EXCEPT THE LAST. THE TEST SET SIZE WAS 5%, AND WAS SELECTED RANDOMLY. IN THE LAST ROUND OF REFINEMENT, THE MODEL WAS REFINED AGAINST ALL OF THE DATA TO PRODUCE THE FINAL MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18673 20998 5 %RANDOM
Rwork0.1605 ---
all0.16029 ---
obs0.16029 419014 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20.58 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23704 0 488 3981 28173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02124919
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.95434019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.58932952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4154024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.23604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0219536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3460.311694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.54305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1990.547
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6044.514700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.52623806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.852910219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.98313.510201
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.271 1518
Rwork0.234 28231
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 24.6 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.16 / Rfactor Rfree: 0.187 / Rfactor Rwork: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.68 Å / Rfactor Rwork: 0.24 / Rfactor obs: 0.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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