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万見
- PDB-1n8x: Solution structure of HIV-1 Stem Loop SL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n8x
タイトルSolution structure of HIV-1 Stem Loop SL1
要素HIV-1 STEM LOOP SL1 MONOMERIC RNA
キーワードRNA / HIV / SL1 / RNA STEM LOOP / BULGE / G-A MISMATCH
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Lawrence, D.C. / Stover, C.C. / Noznitsky, J. / Wu, Z. / Summers, M.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure of the Intact Stem and Bulge of HIV-1 Psi-RNA Stem-Loop SL1
著者: Lawrence, D.C. / Stover, C.C. / Noznitsky, J. / Wu, Z. / Summers, M.F.
履歴
登録2002年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE Author states there are three additional bases on the 5' and 3' ends, which form WC base ...SEQUENCE Author states there are three additional bases on the 5' and 3' ends, which form WC base pairs: 5'-GGA ... UCC-3' DIS loop (AAGCGCGCA) replaced with GAGA tetraloop' Monomeric RNA engineered by replacing the terminal loop with a GAGA tetraloop. Lower stem has an additional three base pairs: 5'GGA...UCC3'. Residues are numbered 1 through 36 in coordinate file although they are numbered differently in article. Internal bulged loop composed of G5 (5' strand), A24, G25, and G26 (3' strand) is structured with a G5-A24 mismatch and G25, G26 stacking under A24.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 STEM LOOP SL1 MONOMERIC RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7151
ポリマ－11,7151
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 600target function
代表モデルモデル #1lowest target function

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要素

#1: RNA鎖 HIV-1 STEM LOOP SL1 MONOMERIC RNA


分子量: 11715.034 Da / 分子数: 1 / 断片: HIV-1 Stem Loop SL1 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was synthesized by in vitro transcription using a single stranded DNA template and T7 RNA polymerase.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1214D 13C-separated NOESY
1313D 13C-separated ROESY
1423D 13C-separated NOESY
1524D 13C-separated NOESY
1633D 13C-separated NOESY
1734D 13C-separated NOESY
284IPAP H-COUPLED CT-HSQC
1952D NOESY
11052D ROESY
NMR実験の詳細Text: EXPERIMENT 8 (IPAP H-COUPLED CT-HSQC) WAS PERFORMED ON SAMPLE 4 AND SAMPLE 6 (GUA-15N,13C-LABELED SL1 WITH AND WITHOUT PF1 PHAGE). THE DIFFERENCE BETWEEN THE J-COUPLING VALUES = DIPOLAR ...Text: EXPERIMENT 8 (IPAP H-COUPLED CT-HSQC) WAS PERFORMED ON SAMPLE 4 AND SAMPLE 6 (GUA-15N,13C-LABELED SL1 WITH AND WITHOUT PF1 PHAGE). THE DIFFERENCE BETWEEN THE J-COUPLING VALUES = DIPOLAR COUPLING VALUE FOR A GIVEN C-H BOND.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM SL1 monomeric RNA, U-15N,13C; 100% D2O100% D2O
21 mM SL1 monomeric RNA, Cyt-15N,13C; 100% D2O100% D2O
31 mM SL1 monomeric RNA, Gua-15N,13C; 100% D2O100% D2O
41 mM SL1 monomeric RNA, Gua-15N,13C; 10 mM Tris-d11, pH 8.0, 0.1 mM EDTA; 18 mg/ml Pf1 bacteriophage (ASLA); 100% D2O100% D2O
51 mM SL1 monomeric RNA, unlabeled; 100% D2O100% D2O
61 mM SL1 monomeric RNA, Gua-15N,13C; 10 mM Tris-d11, pH 8.0, 0.1 mM EDTA; 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)イオン強度
17.0 ambient 308 K
28.0 ambient 308 K10 mM Tris-Cl, 0.1 mM Na-EDTA
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
NMRPipe2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
NMRView5.0.3Johnson, Blevinsデータ解析
DYANA1.5Guntert, Mumenthaler, Wuthrich精密化
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 408 experimental restraints, including 298 NOE-derived distance restraints, 84 hydrogen bond restraints, and 26 dipolar coupling restraints.
代表構造選択基準: lowest target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 600 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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