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- PDB-1n8w: Biochemical and Structural Studies of Malate Synthase from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n8w
タイトルBiochemical and Structural Studies of Malate Synthase from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable malate synthase G
キーワードLYASE / MALATE SYNTHASE / GLYOXYLATE PATHWAY / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / MALATE / COENZYME A / GLCB / GLYOXYLATE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / glyoxylate catabolic process / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding ...host cell extracellular matrix binding / capsule / malate synthase / malate synthase activity / coenzyme A binding / adhesion of symbiont to host / glyoxylate catabolic process / coenzyme A metabolic process / glyoxylate cycle / fibronectin binding / laminin binding / tricarboxylic acid cycle / peptidoglycan-based cell wall / manganese ion binding / cell surface / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily ...Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G - maily-beta sub-domain / Malate synthase G / : / Malate synthase G, alpha-beta insertion domain / Malate synthase, domain III / Malate synthase, domain 3 / Malate Synthase G; Chain: A; Domain 4 / Malate synthase / Malate synthase superfamily / Malate synthase, C-terminal superfamily / Malate synthase, N-terminal and TIM-barrel domains / : / : / Malate synthase, TIM barrel domain / Malate synthase, N-terminal domain / Malate synthase, C-terminal / Beta Complex / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / GLYOXYLIC ACID / D-MALATE / Malate synthase G / Malate synthase G
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Smith, C.V. / Huang, C.C. / Miczak, A. / Russell, D.G. / Sacchettini, J.C. / Honer zu Bentrup, K. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Biochemical and structural studies of malate synthase from Mycobacterium tuberculosis
著者: Smith, C.V. / Huang, C.C. / Miczak, A. / Russell, D.G. / Sacchettini, J.C. / Honer Zu Bentrup, K.
履歴
登録2002年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable malate synthase G
B: Probable malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,55812
ポリマ－160,9782
非ポリマー1,58110
水11,512639
1
A: Probable malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7417
ポリマ－80,4891
非ポリマー1,2526
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable malate synthase G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8175
ポリマ－80,4891
非ポリマー3284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.985, 120.985, 232.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable malate synthase G


分子量: 80488.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: GlcB / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A5J4, UniProt: P9WK17*PLUS, EC: 4.1.3.2

-
非ポリマー , 6種, 649分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#6: 化合物 ChemComp-GLV / GLYOXYLIC ACID / GLYOXALATE / GLYOXYLATE / グリオキシル酸


分子量: 74.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H2O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium Sulphate, MES pH 6.5, Dioxane, magnesium chloride, acetyl coenzyme A, glyoxylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19 mg/mlprotein1drop
22 mMacetyl-CoA1drop
32 mMglyoxylate1drop
420 mMTris-HCl1droppH8.0
51.6 Mammonium sulfate1reservoir
60.1 MMES1reservoirpH6.5
710 %dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: bend cylindrical Ge(III) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 51936 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 397417 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→29.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / SU B: 17.822 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.439 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28719 4591 10.1 %RANDOM
Rwork0.19049 ---
all0.2002 43284 --
obs0.2002 40817 94.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→29.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10960 0 97 639 11696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02111260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1861.95815320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.81451428
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.028586
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.25988
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3911.57114
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.734211437
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.93334146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5944.53883
LS精密化 シェル解像度: 2.701→2.771 Å / Num. reflection Rfree: 308 / Num. reflection Rwork: 2772 / Total num. of bins used: 20
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.287 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.186

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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