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万見
- PDB-1n7z: Structure and location of gene product 8 in the bacteriophage T4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n7z
タイトルStructure and location of gene product 8 in the bacteriophage T4 baseplate
要素baseplate structural protein gp8
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophage T4 / baseplate / dimer / beta sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, baseplate / viral tail assembly
類似検索 - 分子機能
baseplate structural protein gp8, domain 2 / baseplate structural protein gp8, domain 2 / baseplate structural protein gp8, domain 1 / baseplate structural protein gp8, domain 1 / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Beta Complex / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate wedge protein gp8
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Kostyuchenko, V.A. / Chipman, P.R. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure and location of gene product 8 in the bacteriophage T4 baseplate
著者: Leiman, P.G. / Shneider, M.M. / Kostyuchenko, V.A. / Chipman, P.R. / Mesyanzhinov, V.V. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2002年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: baseplate structural protein gp8
B: baseplate structural protein gp8
C: baseplate structural protein gp8
D: baseplate structural protein gp8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,48134
ポリマ－154,4184
非ポリマー1,06430
水18,4651025
1
A: baseplate structural protein gp8
B: baseplate structural protein gp8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,74117
ポリマ－77,2092
非ポリマー53215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area30020 Å2
手法PISA
2
C: baseplate structural protein gp8
D: baseplate structural protein gp8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,74117
ポリマ－77,2092
非ポリマー53215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-168 kcal/mol
Surface area30150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.388, 78.472, 88.227
Angle α, β, γ (deg.)110.96, 97.60, 111.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
baseplate structural protein gp8 / Baseplate wedge protein 8


分子量: 38604.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: gene 8 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 834 (DE3) / 参照: UniProt: P19062
#2: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1025 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, PEG 6000, LiCl, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.5
31 mMdithiothreitol1drop
41.5 M1reservoirLiCl
51 mMdithiothreitol1reservoir
60.1 MHEPES1reservoirpH7.0
716 %PEG60001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.9797, 0.9799,0.9426
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月15日 / 詳細: Bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97991
30.94261
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 99719 / Num. obs: 97218 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 4777 / % possible all: 96.5
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 % / 冗長度: 1.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXモデル構築
CNS1.1精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→27.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1338852.16 / Data cutoff high rms absF: 1338852.16 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2410 2.5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.213692 99719 --
obs0.213692 97218 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.0041 Å2 / ksol: 0.315156 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6 Å22.05 Å22.84 Å2
2--4.08 Å24.85 Å2
3---1.93 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10524 0 30 1025 11579
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.982.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 308 2.6 %
Rwork0.25 11672 -
obs--96.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 40 Å / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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