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- PDB-1n7h: Crystal Structure of GDP-mannose 4,6-dehydratase ternary complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n7h
タイトルCrystal Structure of GDP-mannose 4,6-dehydratase ternary complex with NADPH and GDP
要素GDP-D-mannose-4,6-dehydratase
キーワードLYASE / Rossmann fold / SDR / short-chain dehydrogenase/reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / unidimensional cell growth / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-NDP / GDP-mannose 4,6 dehydratase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mulichak, A.M. / Bonin, C.P. / Reiter, W.-D. / Garavito, R.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The structure of the MUR1 GDP-mannose 4,6-dehydratase from A. thaliana: Implications for ligand binding and specificity.
著者: Mulichak, A.M. / Bonin, C.P. / Reiter, W.-D. / Garavito, R.M.
履歴
登録2002年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年1月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-D-mannose-4,6-dehydratase
B: GDP-D-mannose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5466
ポリマ－86,1692
非ポリマー2,3774
水7,927440
1
A: GDP-D-mannose-4,6-dehydratase
B: GDP-D-mannose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子

A: GDP-D-mannose-4,6-dehydratase
B: GDP-D-mannose-4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,09212
ポリマ－172,3374
非ポリマー4,7548
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area20910 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area41700 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.860, 124.440, 110.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-675-

HOH

21A-792-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the transformation: -x+1, y, -z+1/2

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要素

#1: タンパク質 GDP-D-mannose-4,6-dehydratase


分子量: 43084.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: mur1 / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93031, GDP-mannose 4,6-dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: ammonium sulfate, PEG 400, Imidazole buffer, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 MNADPH1reservoir
210 mMGDP1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. all: 70812 / Num. obs: 70104 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.063
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique all: 6532 / Rsym value: 0.077 / % possible all: 88
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 70780 / % possible obs: 95 % / Rmerge(I) obs: 0.062
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.077

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Partial or no side chain atoms were refined for residues listed in REMARK 470.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 3557 -RANDOM
Rwork0.181 ---
all0.182 69991 --
obs0.182 69991 94 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5240 0 152 440 5832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 312 -
Rwork0.19 --
obs-6443 86.9 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.201 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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